Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,499,376 |
C→A |
G883V (GGT→GTT) |
ebh_1 ← |
Extracellular matrix‑binding protein ebh |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,499,376 | 0 | C | A | 96.9%
| 318.1
/ NA
| 97 | G883V (GGT→GTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (56/38); minor base T (1/2); total (57/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTACCTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCATTCGTAGTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1499241‑1499513
|
ccTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCGAAATAGTAGCAGCATTGCTCATAGTAGATTCAACTACGGTATTATAATAAACTAGTGCTCTAATTTGGTGATCTACa > 1:1140803/1‑141 (MQ=255)
cTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAg < 2:37192/141‑1 (MQ=255)
cTCGATAGTATGTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACCACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAg < 2:489459/141‑1 (MQ=255)
tCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAgg < 2:1061733/141‑1 (MQ=255)
aTAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAggtgg < 1:913409/141‑1 (MQ=255)
aTAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAggtgg > 1:659214/1‑141 (MQ=255)
aTAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCCCTAATTTGTTTAACTACAggtgg > 1:488495/1‑141 (MQ=255)
atttATTTGGCATGTATCCCAACAGTATTATTGATTGGTGGTTGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCCTATTAGATGTAATTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAggtggt < 2:40129/138‑1 (MQ=255)
aGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTa < 1:667418/141‑1 (MQ=255)
aGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAAAAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTa < 1:170913/141‑1 (MQ=255)
aGTATTTGGCAGTTATTCCAACAGGAGTATTGATTGTTGGGGGAATGTCAGCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTa < 1:188091/141‑1 (MQ=255)
gTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTCCAGGTGGTAt > 1:674569/1‑141 (MQ=255)
gTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCACATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTAt < 1:904190/141‑1 (MQ=255)
aTTTGGCATTTATTTCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACGGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa < 1:529453/141‑1 (MQ=255)
aTTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa > 2:812383/1‑141 (MQ=255)
aTTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa < 1:529577/141‑1 (MQ=255)
cATTTATTCCAACGGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACATCATTACTCATATTATATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATacaa < 1:1136756/141‑1 (MQ=255)
aTTTATGCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTTGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATacaac < 1:902739/141‑1 (MQ=255)
tttATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATAATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATacaaca > 1:1048823/1‑141 (MQ=255)
ttATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACAt < 1:461393/141‑1 (MQ=255)
ttCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATTTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACATGTGGTATGAATACAACATAAt < 1:618773/141‑1 (MQ=255)
tCCCACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATc < 1:381445/141‑1 (MQ=255)
tCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAACTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATc < 1:1118246/141‑1 (MQ=255)
tCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGAAAAATAGTAACAGCATTACTCATCTTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTACTTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATc < 2:497323/141‑1 (MQ=255)
ccAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCt < 2:1023859/141‑1 (MQ=255)
cAACATGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATTAACTACTGCTCTAATTTGTTTATCTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCtt < 2:728495/141‑1 (MQ=255)
cAACAGGATTATTGATTCGTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCtt < 2:288114/141‑1 (MQ=255)
gATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTc > 1:610205/1‑141 (MQ=255)
attattGATTGGTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATTGTAACAGCATTACTTATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCg < 2:292475/141‑1 (MQ=255)
ttattGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATCGTAACCATTTTTCGCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGt < 1:514929/141‑1 (MQ=255)
attgattgTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGACGtaa > 2:313699/1‑140 (MQ=255)
attgattgTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAACTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGtat > 1:518586/1‑141 (MQ=255)
ttgattgTGGGTGGGGTGTGATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGtata > 2:109745/1‑141 (MQ=255)
ttgttgGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTATTTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTaa < 1:931634/141‑1 (MQ=255)
tggAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCCTGCGGTCGTGTAGTAATTGcatt > 2:1175063/1‑141 (MQ=255)
aaTGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTTTATTATg > 1:649380/1‑141 (MQ=255)
aaTGTCATCTGGAAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATg < 2:515934/141‑1 (MQ=255)
aTGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGc > 1:184389/1‑141 (MQ=255)
tGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCa > 2:70386/1‑141 (MQ=255)
tGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGGATAGTAATTGtattaagac > 2:293714/1‑137 (MQ=255)
cAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAgg < 2:425635/141‑1 (MQ=255)
tAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTAc > 2:85388/1‑141 (MQ=255)
tAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGGGTAc > 2:1066368/1‑141 (MQ=255)
aGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTAcc > 1:323766/1‑141 (MQ=255)
aGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTAcc > 1:433729/1‑141 (MQ=255)
tAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAg > 1:233783/1‑141 (MQ=255)
tAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAg > 1:204359/1‑141 (MQ=255)
aCAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTc < 1:684153/141‑1 (MQ=255)
aagaaTTACTCAAATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCg < 2:171663/137‑1 (MQ=255)
aGCATTACTCATATTAGATGCAATCACTTTATTATAATAAACTACTGCACTAATTGGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGc < 1:1050423/141‑1 (MQ=255)
aGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGc < 2:956473/141‑1 (MQ=255)
tACTCATATTAGATGGAACCACTTTATTATAATAAACTACTGATCTAATTTGTTTAACTACAGGCGGTATGATTTCAACATAATCTTGCGCTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCGGTCGCAAGTa > 1:891820/1‑141 (MQ=255)
cTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTAAGCAGAAAGTCAGGTGTACAAGACGCAAGTATc > 2:1195819/1‑141 (MQ=255)
tCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATGAGGTGTACCAGTCGCCAGTATCg > 2:591146/1‑141 (MQ=255)
tCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCg > 2:912136/1‑141 (MQ=255)
cATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGt > 2:86046/1‑141 (MQ=255)
cATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGACAGTATCGt > 2:134333/1‑141 (MQ=255)
ctatTAGATGCAACTACTTTATTATAAGAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGta < 2:575007/140‑1 (MQ=255)
ttAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATaa < 1:1062526/141‑1 (MQ=255)
gtGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTCGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCAGCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAg < 2:59179/140‑1 (MQ=255)
aTGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAg < 2:586945/141‑1 (MQ=255)
aTGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAg > 1:647036/1‑141 (MQ=255)
tGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGa > 1:150653/1‑141 (MQ=255)
tcAACTACTTTATTATAATAATCTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGAt < 2:714146/140‑1 (MQ=255)
gCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGAt < 2:713827/141‑1 (MQ=255)
gCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTAAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTCTAACCAGAt > 1:401437/1‑141 (MQ=255)
cAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATg > 2:56690/1‑141 (MQ=255)
tactTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCCGATGGTAt > 2:738019/1‑141 (MQ=255)
tactTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTAt > 1:1033324/1‑141 (MQ=255)
actTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTAtt > 1:688149/1‑141 (MQ=255)
actTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTAtt > 2:1104389/1‑141 (MQ=255)
attatAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCGGAAGGTATTTGATc > 1:194401/1‑141 (MQ=255)
ataataAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGc > 1:640052/1‑141 (MQ=255)
ataataAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGACCAACGTCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATGGTATAAACAGATGGTCTTTGATCTGc > 1:1050382/1‑141 (MQ=255)
aaCTACTTCTATAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACt < 2:772689/141‑1 (MQ=255)
aaCTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACt < 2:1055813/141‑1 (MQ=255)
aaCTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCCGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACt < 2:595173/141‑1 (MQ=255)
aaCTACTGCTCTAATTCGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACt > 1:712012/1‑141 (MQ=255)
actactGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTTTTCCAGTAGCAAGTATCGTATAACCAGAGGGTGTTTGATCTGCGTCACtc > 1:503707/1‑140 (MQ=255)
actactGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTa > 1:695789/1‑141 (MQ=255)
accactGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAAATGGGATTTGCTCTGCCTCCCTa > 2:498164/4‑141 (MQ=255)
ctactGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTac > 2:620867/1‑141 (MQ=255)
ctGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTaccac > 1:679236/1‑141 (MQ=255)
tGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGGCTAACTaccccc > 2:1039374/1‑141 (MQ=255)
ctctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCTCCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAt > 1:322078/1‑141 (MQ=255)
ctctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCACGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAt > 1:108194/1‑141 (MQ=255)
ctctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAt > 1:434664/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTGCCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 2:220382/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 2:344100/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 1:437934/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 2:22826/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 1:944661/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 1:1138851/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 1:1139097/1‑141 (MQ=255)
tctAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGCAGTCCCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGGATTTGATCTGCCTCACTACCACCAtt > 1:1170410/1‑141 (MQ=255)
tAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGAAGGGATTTGATCTGCCTCACGACCACCATTCg > 2:736302/1‑141 (MQ=255)
ttAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCATTCGTAGTTTGa < 2:1092004/141‑1 (MQ=255)
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CCTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTACCTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCATTCGTAGTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1499241‑1499513
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
