Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,010,363 |
C→T |
C146Y (TGT→TAT) |
USA300HOU_RS10125 ← |
Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 97.8%
| 294.2
/ NA
| 91 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (37/52); minor base A (1/1); total (38/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2010229‑2010496
|
cACGTGTCGATTTTCTTAATCTTCAAAAGAAAACGTACACCTGTAAAATGTATAATTGGAAGATAATCAGTGCTGCTAGAGTGAATTTCTCATCTAATAAGAACATTATGGATAGTGCAATTATAATTGTTATATAATCt < 2:386005/140‑1 (MQ=255)
cACGTGTCAATTATCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTCAAAATGTAAAATTAGAAGATAAACAGTGCTTCTAAAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCt < 2:261066/140‑1 (MQ=255)
gtgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATGATAATTGTTATATAATTTAAc > 1:369988/1‑140 (MQ=255)
gttatttttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:769440/135‑1 (MQ=255)
gtCAAATTTCTTAATCCTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATAGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAATTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:867486/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAat > 1:70112/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGACATAAAAAATGTAATATAATCTAACCAAat > 2:440813/1‑140 (MQ=255)
agtttCTGAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata < 1:408837/138‑1 (MQ=255)
actttCTATATCTTCCCAGAAAAAGTTACACTGCTAAAATGTAAAATGGGAAAATAAACAGTGCTGATAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGTGAGTGCAATAAGAATTGTTAGATAATCTAACCaaaca < 2:603884/138‑3 (MQ=255)
aTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata < 2:928284/140‑1 (MQ=255)
aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATACTCTAACCAAATATTCATTaa > 2:88019/1‑140 (MQ=255)
aaTCTTCCAAAGAAAAAGTACACCGGTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 2:970217/1‑140 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 1:127614/1‑140 (MQ=255)
gAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa < 1:98335/140‑1 (MQ=255)
aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 1:566458/140‑1 (MQ=255)
aCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATTATAAGAGTTTTGAAAACTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaa < 1:735682/140‑1 (MQ=255)
tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTCAAGTCAATTTCACACCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTACACCGGTTAAAATGAAATc > 2:211591/1‑140 (MQ=255)
tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAAGTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 2:740355/1‑140 (MQ=255)
tcGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAATGTCAAGTTCACATCTATAAAGATCATTCTGGATAGTGCAATAATGATTGTTATTTATTCTAATCAAATATTCTTTAACCCGGTTAAAATGAAATCtttt < 2:265504/139‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCtttt < 1:595853/140‑1 (MQ=255)
cGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttg < 1:282995/140‑1 (MQ=255)
ttAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATCATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtt < 2:638964/140‑1 (MQ=255)
aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 1:372374/140‑1 (MQ=255)
tgtaaaagtGTAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCa < 2:203463/140‑1 (MQ=255)
ttaaatgGGAATATAAGCCTTGGTGCTAAAGTCAAGTTCACATCTAAAAAGAACATCATCGATAGTGCAATAAGAATTTTTATATGATCTAACGAAATATTCATTAACCCGGTTAAAGTGAAATCGTTTGTTTGTTCAAc < 2:300910/138‑1 (MQ=255)
tcaaatcGGAAAATAAACACTACTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACAGTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 2:908279/138‑1 (MQ=255)
taaaatgGGAAGATAAATAGCGCTTCTAAAGTCAATTTCACCTCTAAAAACAGGAGTATGGAAAGTGCAATAATAATTGTTAGATTCTCTAACCTGGTATTCAGTACCCCGGTTAAAATGAAATCTTCTTTTAGGTCAAc < 2:2127/140‑1 (MQ=255)
taaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 2:978301/140‑1 (MQ=255)
aaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat < 2:364140/140‑1 (MQ=255)
aatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc < 2:674956/140‑1 (MQ=255)
atgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatca > 1:364392/1‑140 (MQ=255)
atgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatca > 1:94376/1‑140 (MQ=255)
tgGGCAGGTACACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGATATCTTTTGTTTGTTCAAcattat > 2:945015/1‑140 (MQ=255)
tgGGAAGATAAACAGTTCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:862010/140‑1 (MQ=255)
tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:565353/140‑1 (MQ=255)
tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 1:247514/140‑1 (MQ=255)
tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:72654/140‑1 (MQ=255)
taggAAGATACACAGTGCTGCTAAAGTCAAATTCACATCTAAAAAGAACCTTATGGATAGTGCAATAATAATTGATATAAAATCTAGCAAAATACTAAAAAAACCGGTAAAAAAGAAATCTGATGTTTGTTCAAcctcat > 2:249227/3‑140 (MQ=255)
gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa > 2:490978/1‑140 (MQ=255)
gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa > 1:89787/1‑140 (MQ=255)
gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAACTTTTGTTTGATCAACAACATTaa > 1:299528/1‑140 (MQ=255)
taaaTAAACAGTGCGGCTAAATTCAATTTCATATCTAAATAGGATGTTATTGATAGTGCAATGATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACTTCATTAAt < 2:511686/137‑1 (MQ=255)
aGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATc < 1:483631/140‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:98850/140‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:914617/140‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:933021/140‑1 (MQ=255)
aaaCAGTGCTGCTAAATTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 2:754454/140‑1 (MQ=255)
aaaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 2:532187/140‑1 (MQ=255)
catggctgctAAAGGCAATTGCACTTCTAAAAAGAACATTAGGGATATTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATCAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCTCTCTAg < 2:896480/136‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAATCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg < 2:70112/140‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCTGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg < 1:440813/140‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg > 2:544025/1‑140 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAGTAATCACTCTAg > 1:626161/1‑140 (MQ=255)
gTGCTGCTAAAGTCAATTTAACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGat < 1:301623/140‑1 (MQ=255)
gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 1:169292/140‑1 (MQ=255)
gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 1:809024/140‑1 (MQ=255)
gctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTAc > 1:115845/1‑140 (MQ=255)
aaGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:715452/1‑140 (MQ=255)
aaGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:81561/1‑140 (MQ=255)
aGTCAATTTCACATTTAAAAACAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATGTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTATTCACTCTAGATATTACTTGAc < 1:519336/140‑1 (MQ=255)
aGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAc < 2:41146/140‑1 (MQ=255)
aGTCAAATACACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTCTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCGAGATATTACTTGAc < 2:686848/140‑1 (MQ=255)
gTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAcc < 1:799598/140‑1 (MQ=255)
aaTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAACCACCCTCAGTATTACttaccctcc > 1:911642/1‑133 (MQ=255)
aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTCCTTGACCTACt > 2:593015/1‑140 (MQ=255)
ttCACATCTAAATAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 2:637387/140‑1 (MQ=255)
ttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 1:760576/140‑1 (MQ=255)
tCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGCTATTCCTTGACCTCCTTGa > 2:899841/1‑140 (MQ=255)
tCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACATACTTGa > 1:62991/1‑140 (MQ=255)
acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatt > 2:505219/1‑140 (MQ=255)
acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAGCTTTTGTTTGTTCATCATCATTAATCACTCTAGATATTACTTAACCTACTTGgtt > 2:782465/1‑140 (MQ=255)
caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGCCCTACTTGatta > 2:162718/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGc < 1:162718/140‑1 (MQ=255)
aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTACCATaaaa > 2:64879/1‑140 (MQ=255)
aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTAAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGCTTCTTAGCATaaaa > 2:350991/1‑140 (MQ=255)
aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAACAAATAATAATTAACACGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATAACTTGACCTACTTGATTATTATCATaaaa > 2:369580/1‑140 (MQ=255)
cATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTCACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTAATTGACATACTTGATTATTAGCATAAAAtc > 1:153307/1‑140 (MQ=255)
ttATGGCTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCTGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc > 2:632441/1‑140 (MQ=255)
gATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACTAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:348401/140‑1 (MQ=255)
agatgtcAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTCTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACtt < 2:747171/134‑1 (MQ=255)
aTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACtt < 2:952291/140‑1 (MQ=255)
tGCAATAATAATTTTTATTTAAACTACCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCGTATGGTTCTTCAACATGATTAATCACTCTAGATGTTACGTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAg < 2:837199/140‑1 (MQ=255)
aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:868777/1‑140 (MQ=255)
aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:463745/1‑140 (MQ=255)
aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:785902/1‑140 (MQ=255)
taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTaaa > 2:636611/1‑140 (MQ=255)
taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACGTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTaaa > 1:711274/1‑140 (MQ=255)
tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGt < 1:566526/140‑1 (MQ=255)
gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt < 1:863454/140‑1 (MQ=255)
gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt > 2:400882/1‑140 (MQ=255)
gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt < 1:863451/140‑1 (MQ=255)
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CACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2010229‑2010496
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
