Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F43 I0 R1
|
23 |
38.0 |
846132 |
95.3% |
806363 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,010,363 |
C→T |
100% |
C146Y (TGT→TAT) |
USA300HOU_RS10125 ← |
Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 97.4%
| 112.6
/ ‑4.8
| 38 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (20/16); minor base G (1/0); total (21/17) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/2010231‑2010488
|
cGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑Ac < 1:281898/141‑1 (MQ=255)
tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCaaa > 2:268614/1‑141 (MQ=255)
ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTa > 1:285551/1‑141 (MQ=255)
aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAAc > 1:302834/1‑141 (MQ=255)
aTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAAcc < 1:322034/141‑1 (MQ=255)
tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGt < 1:26021/141‑1 (MQ=255)
ccAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:381432/1‑141 (MQ=255)
acAAAGAAAACGTACAACGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACATTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGtt < 2:231048/140‑1 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAGAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg > 2:123445/1‑141 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAGAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg > 2:123474/1‑141 (MQ=255)
aaaaCGTACAACGTTAAAATGTAAAATGAGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 2:349328/141‑1 (MQ=255)
aCGTACACAGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaaa < 2:244213/141‑1 (MQ=255)
aatgtaaaaggGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCAAATATAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTc < 2:19450/141‑1 (MQ=255)
atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATCCATTAACCCAGTTAAAATGAAATCTTTTCTTTGTTCa > 2:355339/1‑141 (MQ=255)
gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGTAATAATAATTATTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCAGTTAAAATAAAATCTTTTGTTTGTTCaaa > 1:411912/1‑140 (MQ=255)
taaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAca > 2:21313/1‑141 (MQ=255)
aaaataGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATTGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat < 2:348258/141‑1 (MQ=255)
atgGGAAGAAAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:119968/141‑1 (MQ=255)
ggAAGATAAGCAGTGCTGCTAAAGGCAACTTCACATCCAAAAAAAAAATGATGGATAGTGCGCTCTTTCTTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCTTTCAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa < 1:58893/141‑1 (MQ=255)
ggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAAAATCATTaa > 1:88897/1‑141 (MQ=255)
tAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 1:123445/141‑1 (MQ=255)
tAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 1:123474/141‑1 (MQ=255)
aCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg < 2:85969/141‑1 (MQ=255)
tAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTAT‑CAATGAATGCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTg < 1:418614/141‑1 (MQ=255)
cAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTTACCTAc > 2:422592/1‑141 (MQ=255)
cAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc > 1:162244/1‑141 (MQ=255)
cacaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTACTCACTCTAGATATTACTTGACTTACTTGatt > 1:86550/1‑141 (MQ=255)
acaGCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATAGTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatta < 1:170030/141‑1 (MQ=255)
caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATGTAATACA‑ACCAAATATTCAGTAACCTGGTTAAAATGAAATCTTTTCTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGattat > 2:411375/1‑141 (MQ=255)
tCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATACTCATTAAACCGGTTAAAACGAAATCTTTTCTTTCTTCAACATCATTAATTACTATAGATATTACTTGCGCTACTTGCttacta > 2:125787/1‑141 (MQ=255)
aGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaaa > 1:211747/1‑141 (MQ=255)
aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc > 1:325183/1‑141 (MQ=255)
ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCg < 2:167904/141‑1 (MQ=255)
ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCg > 1:105127/1‑141 (MQ=255)
tAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaa > 1:408572/1‑141 (MQ=255)
atactaatCGCTATTGAATATA‑ACCAAATATTCATAAACCCGGTTAAAATGAAATCATTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACTTACTTGATTATTAGCATAAAATCTTCCACTTAACGCtttt > 2:282346/1‑139 (MQ=255)
ataataatTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTATATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt < 1:268614/141‑1 (MQ=255)
ataataatTGTTATATAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt > 2:105180/1‑141 (MQ=255)
|
CGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTA‑ACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/2010231‑2010488
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
