Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
797,056 |
T→C |
T27T (ACT→ACC) |
modC → |
molybdate transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 797,056 | 0 | T | C | 100.0%
| 577.1
/ NA
| 196 | T27T (ACT→ACC) | modC | molybdate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (0/196); total (0/196) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
AATGGCATCACTGCTATCTTTGGCGTCTCCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCAT > W3110S.gb/797045‑797106
|
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aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1610494/62‑1 (MQ=255)
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aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1542887/62‑1 (MQ=255)
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aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1481904/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1467116/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1435145/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1418528/62‑1 (MQ=255)
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aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1388194/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1348000/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1356251/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1405558/62‑1 (MQ=255)
aTGTCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1337551/61‑1 (MQ=255)
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aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1619180/61‑1 (MQ=255)
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aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:850893/61‑1 (MQ=255)
aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:1515484/61‑1 (MQ=255)
aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:655940/61‑1 (MQ=255)
aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:387235/61‑1 (MQ=255)
aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:719887/61‑1 (MQ=255)
ggCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt < 1:712635/59‑1 (MQ=37)
|
AATGGCATCACTGCTATCTTTGGCGTCTCCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCAT > W3110S.gb/797045‑797106
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
