Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 797,074 C→T S33S (TCC→TCT)  modC → molybdate transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb797,0740CT91.7% 516.5 / 21.1 216S33S (TCC→TCT) modCmolybdate transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (18/0);  new base T (0/198);  total (18/198)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-26
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 217 total aligned reads displayed.

AATGGCATCACTGCTATCTTTGGCGTCTCCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCAAAAA  >  W3110S.gb/797045‑797131
                             |                                                         
aaTGGCATCACCTCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:305623/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:395808/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:543083/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:52506/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:515772/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:504881/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:494146/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:468666/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:464953/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:43468/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:414738/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:399161/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:559243/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:37508/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:357509/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:339314/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:325533/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:321503/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:262348/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:223582/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:205647/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1649773/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:770326/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:975280/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:972615/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:953702/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:931925/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:892048/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:870308/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:8642/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:811661/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:799741/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:787679/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1009169/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:763853/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:733869/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:72270/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:719439/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:679863/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:636237/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:621634/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:590405/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:57803/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:570022/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1244590/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1098469/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1356251/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1297240/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1290249/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1115676/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:128564/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1268620/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1259676/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1251215/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1348000/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:112939/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1217885/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1137773/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1199423/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1175218/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:117263/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1157796/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1140942/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1405558/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1632752/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1610494/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1590074/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1002836/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1018550/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1571213/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1029746/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1542887/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1531309/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1519297/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1080349/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1481904/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1467116/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1435145/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1418528/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1388194/62‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCACCGCTATTTTTGGTATCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:376525/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1337551/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1124322/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:850893/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:884324/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1619180/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1150736/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:580924/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:1331131/61‑1 (MQ=255)
 aTGGCATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:241331/61‑1 (MQ=255)
     cATCACCGCTATTTTTGGTGTCTCTGGTGCCGGAAAAACCTCGCTGATTAACGCCAt                           <  1:669831/57‑1 (MQ=37)
                         tctcCTGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:1228646/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAg                        >  1:1378612/1‑40 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:706706/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:545842/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:894840/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:1508589/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:276365/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaaa  >  1:984607/1‑62 (MQ=255)
                         tctcCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCaaaa   >  1:251599/1‑61 (MQ=255)
                             |                                                         
AATGGCATCACTGCTATCTTTGGCGTCTCCGGTGCCGGAAAAACTTCGCTGATTAACGCCATCAGTGGACTGACGCGCCCGCAAAAA  >  W3110S.gb/797045‑797131

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A