Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
826,069 |
A→G |
P154P (CCT→CCC) |
ybhR ← |
predicted transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 826,069 | 0 | A | G | 100.0%
| 232.7
/ NA
| 81 | P154P (CCT→CCC) | ybhR | predicted transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (0/81); total (0/81) |
GATTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTAGGTTTCGGTTTTCCTTCC > W3110S.gb/826026‑826087
|
gaTTCTGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1436783/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACGAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:200226/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCTCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:188411/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:297904/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:427888/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:413187/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:405060/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:398186/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:367998/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:362165/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:332783/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:324929/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:434273/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:2830/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:277119/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:200094/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:199900/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:188902/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1630571/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1021920/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:835054/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:995172/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:968974/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:962498/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:953174/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:943258/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:926438/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:921327/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:884826/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:855744/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1604918/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:78661/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:641456/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:637675/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:565444/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:56144/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:53165/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:493593/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:477513/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1382928/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1187700/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1189765/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1186745/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1168665/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1162587/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:121764/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1221150/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:123770/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1162117/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1131948/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1244566/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1263648/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1329045/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:133753/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1367480/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1432796/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1119578/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1050654/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:103940/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1025882/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1465962/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:151628/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1522429/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:15263/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1562555/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1569810/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1571344/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1600870/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGCTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1570824/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCGCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1592205/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGTTATACCAGTTGCGAACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:632373/62‑1 (MQ=255)
gaTTCGGGGTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:482956/62‑1 (MQ=255)
aTTCTGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:288948/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:629011/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1238359/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1126477/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:143805/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTGGGGTGCGGTTttccttcc < 1:1445673/61‑1 (MQ=255)
aTTCGGGGTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTCGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1436537/61‑1 (MQ=255)
ccaGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:121695/35‑1 (MQ=255)
ccaGCTCGCTGTTGTTGGGTTTCGGTTttccttcc < 1:1056345/35‑1 (MQ=255)
|
GATTCGGGTTATACCAGTTGCGTACCACCAGCTCGCTGTTGTTAGGTTTCGGTTTTCCTTCC > W3110S.gb/826026‑826087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
