Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,157,462 G→C V21V (GTG→GTC)  mdtB → multidrug efflux system, subunit B

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,157,4620GC100.0% 520.1 / NA 189V21V (GTG→GTC) mdtBmultidrug efflux system, subunit B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (189/0);  total (189/0)

Only 100 of 189 total aligned reads displayed.

TGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACC  >  W3110S.gb/2157407‑2157468
                                                       |      
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTTTTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1367662/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1000137/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:36823/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:366502/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:732677/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:33245/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:321949/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:31326/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:307625/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:293755/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:26961/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:390812/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:768076/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:818528/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1646994/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1613474/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1576985/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:846370/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1530285/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1500283/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:513573/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:683959/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:678414/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:653723/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:61454/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:600171/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:586365/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:561019/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:714618/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:526141/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:983516/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:499032/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:490867/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:467372/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:453606/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:435133/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:416448/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:408960/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:399952/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1163353/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:939531/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1272230/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1262105/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1259085/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1231199/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1219835/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1189245/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1180025/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:954985/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:878327/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:95667/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1133779/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1110991/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:108986/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1076184/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1063228/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1053090/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:102932/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1004091/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1299053/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1491687/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1447012/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1424243/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1420861/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1415331/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1392200/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1384300/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1357300/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1355365/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1340930/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1321093/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:1311785/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:129948/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccacc  >  1:937166/1‑62 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:721732/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:757223/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:904193/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:975448/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:830107/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:860126/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:249587/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:695409/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1540678/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1000171/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1133218/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1144437/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1177243/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1283348/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1294333/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1407101/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:147893/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:692602/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1562893/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:1598632/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:201564/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:232593/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:273773/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:340682/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:487925/1‑61 (MQ=255)
tgtTACCTCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTCGccac   >  1:53524/1‑61 (MQ=255)
                                                       |      
TGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACC  >  W3110S.gb/2157407‑2157468

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A