Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,176,467 T→C I79V (ATC→GTC)  gatB ← galactitol‑specific enzyme IIB component of PTS

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,176,4670TC100.0% 475.1 / NA 161I79V (ATC→GTC) gatBgalactitol‑specific enzyme IIB component of PTS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/161);  total (0/161)

Only 100 of 161 total aligned reads displayed.

AGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGATACCAGAAA  >  W3110S.gb/2176414‑2176475
                                                     |        
acgTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1281061/60‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAATATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:506811/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:355921/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:510429/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:856811/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:468338/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:453488/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:440171/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:413999/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:906870/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:358829/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:848996/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:918692/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:304389/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:282478/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:273638/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:272471/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:243850/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:237270/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:235102/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:216898/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:669058/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:796472/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:767332/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:801827/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:760350/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:757593/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:743008/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:71811/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:713728/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:699235/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:920523/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:817474/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:624806/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:830001/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:588722/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:570378/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:558244/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:551401/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:544661/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1271348/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:200554/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:137127/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:972246/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1355868/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1340077/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1329878/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1326783/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1309011/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1283253/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1388906/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:127072/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1233050/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1223991/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1172350/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1165082/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1119508/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1093714/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1044845/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1017153/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1413181/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:200447/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:175641/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1644260/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1643737/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1636101/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1631257/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1598343/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1584138/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:94781/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1534042/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1530171/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1507948/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:954687/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:144596/62‑1 (MQ=255)
aGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:963679/62‑1 (MQ=255)
aGGGCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1016570/62‑1 (MQ=255)
 ggTCACGCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:249368/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:973869/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:892025/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:875072/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:801265/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:984162/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:767186/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1299226/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1411742/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1494035/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:154932/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:231897/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:321017/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:382155/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:387029/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:465323/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:486976/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:614230/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:634142/61‑1 (MQ=255)
 ggTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:791947/61‑1 (MQ=255)
       cccTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:1223530/55‑1 (MQ=255)
              aGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:136807/48‑1 (MQ=255)
                         attttattttGTAATGCTTCGATACCGACACCAGaaa  <  1:526478/37‑1 (MQ=255)
                                                     |        
AGGTCACCCCTGTAAGATAGTCAGAATTTTATTTTGTAATGCTTCGATACCGATACCAGAAA  >  W3110S.gb/2176414‑2176475

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A