Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,234,676 C→T S108S (TCC→TCT)  yohK → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,234,6760CT100.0% 410.7 / NA 143S108S (TCC→TCT) yohKpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/143);  total (0/143)

Only 100 of 143 total aligned reads displayed.

TTTATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCCGTGGCATTGTTGATGGGCGCTT  >  W3110S.gb/2234638‑2234698
                                      |                      
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:425897/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:606590/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:604763/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:60296/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:598810/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:585299/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:572031/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:54957/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:546197/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:519518/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:494126/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:481176/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:435773/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:632622/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:410491/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:389550/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:374855/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:358545/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:308688/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:305361/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:290451/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:289093/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:251130/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1006874/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:23510/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:834981/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:964641/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:955010/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:94388/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:914469/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:912174/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:900534/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:89770/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:889126/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:873828/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:871020/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:835159/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:248709/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:817051/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:814657/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:808592/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:767462/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:764775/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:745386/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:733734/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:716943/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:70051/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:678915/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:634314/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1161104/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:19047/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1311805/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1270089/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1267019/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1260490/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1259203/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1214734/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:12057/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1204597/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1204457/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1178989/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1344026/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:114443/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1131297/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1121604/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:112147/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1116779/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:108569/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1082529/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1072079/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1062868/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1041861/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1010080/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1511113/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:18371/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1642829/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1642433/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1602084/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1587765/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:155267/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1552531/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1530282/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1524731/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1515713/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1359892/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1509305/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1498405/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1484613/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1478365/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1447721/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1440877/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:141995/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:139561/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1382447/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtg  <  1:1209046/60‑2 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATCGGCGCtt  <  1:1496080/60‑1 (MQ=255)
 ttATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGGGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:1589353/60‑1 (MQ=255)
 ttACCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:317418/60‑1 (MQ=255)
  tATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:718774/59‑1 (MQ=255)
  tATCGGCAGCGTGGGTGCGATGGTGACGGGGACTTCTGTGGCATTGTTGATGGGCGCtt  <  1:932213/59‑1 (MQ=255)
                                      |                      
TTTATCGGCAGCGTGGTTGCGATGGTGACGGGGACTTCCGTGGCATTGTTGATGGGCGCTT  >  W3110S.gb/2234638‑2234698

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A