Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 806,969 A→G V245V (GTT→GTC)  ybhC ← predicted pectinesterase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb806,9690AG100.0% 467.0 / NA 161V245V (GTT→GTC) ybhCpredicted pectinesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (161/0);  total (161/0)

Only 100 of 161 total aligned reads displayed.

CGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTT  >  W3110S.gb/806913‑806974
                                                        |     
cGGTTCTGGACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1328349/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGCCGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:412806/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGCCCGAGAATGTTGACg    >  1:1247946/1‑60 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:537467/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:731394/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:725697/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:682698/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:677817/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:668851/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:666845/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:65536/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:615786/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:607799/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:578515/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:736532/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:474640/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:457479/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:419409/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:392922/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:382636/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:381347/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:363999/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:338183/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:338170/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:32517/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:318665/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:903391/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:993935/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:989419/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:983554/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:974676/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:961442/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:944581/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:940281/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:925439/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:923881/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:919129/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:909505/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:904317/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:73158/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:856211/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:848715/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:847758/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:826418/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:823145/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:803388/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:784219/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:78352/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:757905/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:740130/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:289162/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1165255/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1297165/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1272746/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1272209/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1269377/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1266266/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1258106/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1240695/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1217886/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1199462/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1183381/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1181680/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1298222/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1144710/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:112481/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1113559/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1103503/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1094834/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1091313/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1076340/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1065765/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1062349/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1028495/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1014815/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1448808/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:269122/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:265998/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:259641/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:25557/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:24268/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:208779/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:207377/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:165581/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:159231/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1467304/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1453149/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1011/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1416898/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1390251/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:138265/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:137586/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1375484/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1364801/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1361630/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:135308/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1328422/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1304875/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACAACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:1039970/1‑62 (MQ=255)
cGGTTCTGAACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTGACgtt  >  1:567196/1‑62 (MQ=255)
                                                        |     
CGGTTCTGCACACCGCTGTTGGTGACAAAGAAGGTGTTCTGACGACCGAGAATGTTAACGTT  >  W3110S.gb/806913‑806974

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A