Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 832,301 C→T T336T (ACC→ACT)  rhlE → RNA helicase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb832,3010CT100.0% 226.7 / NA 97T336T (ACC→ACT) rhlERNA helicase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/97);  total (0/97)

TCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGT  >  W3110S.gb/832282‑832343
                   |                                          
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGATGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:688773/60‑1 (MQ=16)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTTgtgtgt  <  1:791416/60‑1 (MQ=16)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:530603/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:677248/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:65230/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:628320/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:62288/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:619251/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:608804/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:59388/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:564907/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:544751/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:53353/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1003013/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:530105/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:499964/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:454911/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:419631/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:411607/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:406847/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:399239/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:369418/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:36688/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:354358/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:343773/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:885650/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:997641/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:988394/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:985493/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:975012/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:972746/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:969832/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:946741/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:945150/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:932829/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:920873/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:904122/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:685324/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:879762/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:878423/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:85049/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:847145/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:81183/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:808011/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:765257/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:759367/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:727275/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:705187/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1129557/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1305329/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1276034/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:127177/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:126063/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1240877/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1236823/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1205356/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:120452/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1193956/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1181403/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1162496/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1154673/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:131056/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:111591/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1112157/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1107419/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1100240/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1063049/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1046512/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1034092/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1025726/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1019000/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1008579/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1008505/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1448331/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:312283/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:297486/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:284039/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:27549/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:25728/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:217153/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:209003/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:202426/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:16355/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:145722/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:31791/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1429177/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1417919/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1394611/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1382240/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1377675/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1375604/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1314405/60‑1 (MQ=19)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGctgtgt  <  1:621860/60‑1 (MQ=16)
ttcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTCGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:606687/60‑1 (MQ=16)
 tcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1353228/60‑1 (MQ=19)
 tcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:296884/60‑1 (MQ=19)
 tcACCGTATCGGGCGTACTGGCCGTGCGGCGGCAACTGGCGAAGCATTGTCGCTGgtgtgt  <  1:1324633/60‑1 (MQ=19)
                   |                                          
TCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGT  >  W3110S.gb/832282‑832343

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A