Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,841,636 |
2 bp→TA |
coding (456‑457/1308 nt) |
ynjE → |
predicted thiosulfate sulfur transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,841,636 | 0 | C | T | 100.0%
| 190.9
/ NA
| 73 | H152H (CAC→CAT) | ynjE | predicted thiosulfate sulfur transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (0/73); total (0/73) |
| * | W3110S.gb | 1,841,637 | 0 | G | A | 100.0%
| 188.0
/ NA
| 73 | D153N (GAC→AAC) | ynjE | predicted thiosulfate sulfur transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (0/73); total (0/73) |
GGTTTATCCGCAATGGCTGCACGACCTGCAACAAGGTAAA > W3110S.gb/1841615‑1841654
||
ggTATATCCGCAGTGTCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:256210/40‑1 (MQ=19)
ggTATATCCGCAGTGGCTTCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:174624/40‑1 (MQ=19)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:549475/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:55799/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:547887/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:545248/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:485954/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:476919/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:463980/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:398725/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:396125/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:3598/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:34477/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:342735/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:318917/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:281426/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:268727/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:266143/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:261251/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:792337/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:992827/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:986415/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:902602/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:902530/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:872586/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:864532/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:836565/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:814670/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:244690/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:762680/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:742594/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:692538/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:686585/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:681288/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:648310/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:633003/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:620632/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1216483/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1028361/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1397454/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1389581/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1386465/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1379151/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:133040/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1293244/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1290462/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1419222/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1213684/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1192346/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1155628/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1131817/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1125440/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1082798/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1080745/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1032931/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:20006/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:244102/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:243585/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:234023/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:230971/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:230330/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:22117/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:21129/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1419735/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:196269/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:180899/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:170935/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:157627/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:15658/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:150099/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1426299/40‑1 (MQ=25)
ggTATATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:1423071/40‑1 (MQ=25)
atATCCGCAGTGGCTGCATAACCTGCAACAAGGTaaa < 1:86445/36‑1 (MQ=25)
||
GGTTTATCCGCAATGGCTGCACGACCTGCAACAAGGTAAA > W3110S.gb/1841615‑1841654
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
