Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,905,950 A→G P117P (CCA→CCG)  manZ → mannose‑specific enzyme IID component of PTS

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,905,9500AG100.0% 256.8 / NA 90P117P (CCA→CCG) manZmannose‑specific enzyme IID component of PTS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/90);  total (0/90)

GCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTT  >  W3110S.gb/1905915‑1905976
                                   |                          
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTTGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1406810/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTTGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:582952/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGGtctt  <  1:1167162/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:417230/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:588594/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:576379/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:562794/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:558700/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:541311/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:509866/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:482484/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:481196/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:43542/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:600611/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:403480/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:388694/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:367342/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:346802/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:32034/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:303035/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:301985/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:296796/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1033975/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:784557/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:946854/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:930075/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:911381/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:887473/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:874015/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:858786/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:824391/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:81783/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:816649/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:816080/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:598103/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:773096/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:769862/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:763452/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:722458/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:698124/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:672980/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:656821/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:607917/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:60743/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:274277/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1190971/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1309108/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:128921/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1276421/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1266908/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1254734/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1249224/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:123499/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1226325/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1219329/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1201943/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:253493/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1184370/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1174481/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1157622/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1143868/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:113057/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1123801/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1117273/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1096946/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1075977/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1465651/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:270264/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:201590/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:197477/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:191948/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:190744/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:189637/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:188863/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:16392/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1495/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1322968/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1461664/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1459081/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:139544/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1393982/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1373635/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1356997/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1337053/62‑1 (MQ=255)
gCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1333561/62‑1 (MQ=255)
 cTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:239471/61‑1 (MQ=255)
         ggTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:730326/53‑1 (MQ=255)
                      gTTTGATGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:1306520/40‑1 (MQ=255)
                           aTGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:733511/35‑1 (MQ=255)
                           aTGGGGCCGCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGAtctt  <  1:938713/35‑1 (MQ=255)
                                   |                          
GCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTT  >  W3110S.gb/1905915‑1905976

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A