Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,167,621 2 bp→TA coding (296‑297/333 nt) yegP → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,167,6210CT100.0% 365.2 / NA 132A99V (GCC→GTA) yegPhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (132/0);  total (132/0)
*W3110S.gb2,167,6220CA100.0% 370.7 / NA 132A99V (GCC→GTA) yegPhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (132/0);  total (132/0)

Only 100 of 132 total aligned reads displayed.

GGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACG  >  W3110S.gb/2167602‑2167655
                   ||                                 
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGATAGACAATACg  >  1:549032/1‑54 (MQ=38)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATAc   >  1:283383/1‑53 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATAc   >  1:649675/1‑53 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATAc   >  1:212784/1‑53 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATAc   >  1:1405770/1‑53 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATAc   >  1:792266/1‑53 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:626185/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:639756/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:600790/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:571518/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:533257/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:529643/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:51383/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:506227/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:505390/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:501725/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:47536/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:467024/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:459322/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:449107/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:4223/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:413683/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:405267/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:390891/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:387685/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:361829/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:352624/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:789078/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:992375/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:986720/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:961727/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:944833/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:923156/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:917726/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:905270/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:874000/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:86760/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:827962/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:814789/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:813617/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:627506/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:77654/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:76848/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:749936/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:731353/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:71960/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:70507/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:696744/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:652884/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:648038/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:642950/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:331206/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1134429/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:13034/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1284404/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1269989/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1260172/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:125440/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1232853/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1202090/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1201806/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1194939/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1179116/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1168230/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1305202/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1117722/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1109063/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1108286/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1105749/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:109618/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1079116/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1069156/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1025897/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1023076/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1019443/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1015993/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:144247/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1001853/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:298953/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:262573/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:247025/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:241804/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:232621/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:209618/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:199946/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:161722/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:15759/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1451828/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:33546/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1441094/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1415476/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1404077/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1397427/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1378483/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1370181/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1369645/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1356091/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1350159/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:131907/1‑54 (MQ=39)
ggAATTGCCTCCGTTAAAGTAAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACg  >  1:1314794/1‑54 (MQ=39)
                   ||                                 
GGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACG  >  W3110S.gb/2167602‑2167655

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A