Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,210,129 T→C P367P (CCT→CCC)  yehM → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,210,1290TC94.0% 293.1 / 2.9 117P367P (CCT→CCC) yehMhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (7/0);  new base C (110/0);  total (117/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 117 total aligned reads displayed.

CTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACA  >  W3110S.gb/2210076‑2210140
                                                     |           
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:360769/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:358329/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:588433/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:1410203/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:734598/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGc      >  1:805505/1‑61 (MQ=255)
cTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTG‑CCCTTCTACGc      >  1:388961/1‑60 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGTGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:988620/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTATACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1114723/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:532774/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:642566/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:632603/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:598383/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:983742/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:588172/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:580833/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:555967/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:544855/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:534695/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:53311/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:94961/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:528435/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:504683/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:489838/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:448049/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:446145/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:436800/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1013746/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:41368/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:992559/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:802859/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:930385/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:925804/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:895256/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:883442/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:872286/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:870227/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:851554/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:848725/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:828412/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:934805/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:673630/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:789967/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:787302/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:787022/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:778993/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:763409/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:746260/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:94420/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:727574/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:692081/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1191083/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:405620/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1289265/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1280650/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1267076/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1265836/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1257537/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1246040/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:123147/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:121443/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1204039/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1192851/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1305569/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1178018/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1145975/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1131751/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1128137/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1114108/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1084933/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1077353/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1064966/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1056305/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1049491/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:239738/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:368999/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:359342/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:354849/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:336841/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:324922/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:317926/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:288877/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:280769/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:244535/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1318654/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:234851/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:232998/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:216015/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:215476/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:183245/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:181897/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:175313/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:151275/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1405360/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1392328/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:1340221/1‑59 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcac   >  1:1190258/1‑58 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcac   >  1:497955/1‑58 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCCTCGACGCcaaa  >  1:853751/1‑57 (MQ=255)
      aCGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGT‑AACTTGCCCCCTCGACGCcaca  >  1:927241/1‑58 (MQ=255)
                                                     |           
CTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACA  >  W3110S.gb/2210076‑2210140

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A