Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 797,264 C→T L97L (CTG→TTG)  modC → molybdate transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb797,2640CT87.2% 215.4 / 19.6 86L97L (CTG→TTG) modCmolybdate transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (11/0);  new base T (0/75);  total (11/75)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-14
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATTACAAAGTGCGTGGCAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCT  >  W3110S.gb/797244‑797319
                    |                                                       
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATTGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2129224/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCgtt                <  1:858727/62‑3 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:31168/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1971782/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:292589/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2912620/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2736652/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2619021/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2582718/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2565101/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2548719/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2460608/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2365856/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2304937/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2276126/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:207120/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:20073/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1993096/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1979289/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1052152/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:576675/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:851370/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:810398/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:776733/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:763365/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:7156/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:690557/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:688357/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:627587/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:5853/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:338621/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:496671/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:487388/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:464060/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:446601/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:432600/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:407533/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:405137/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:370517/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1316502/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1592380/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1520352/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:149568/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1470831/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:145132/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1387552/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1379309/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1353688/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1344638/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:134366/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1931636/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1315371/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1282095/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1253692/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1232506/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1209175/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1139700/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1118772/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1097877/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1036596/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1611936/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1605322/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:193234/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1929223/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1919857/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1647439/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1877894/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1722123/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1817284/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1782320/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1815864/62‑1 (MQ=255)
aTTATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:179744/62‑1 (MQ=255)
 ttATAAAGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1727590/61‑1 (MQ=255)
    taaaGTGCGTGGCAATTTGCGCTACGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:2399985/57‑1 (MQ=255)
             tGGCAATTTGCGCTAGGGCATGGCGAAAAGCATGGTCAATCAGTTCGAt                <  1:1634463/49‑1 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATa               >  1:929393/1‑47 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGgcgc   >  1:2642211/1‑59 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:2320673/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:1794702/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:2581478/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:1876357/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:1391222/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:850745/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:369771/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:363018/1‑60 (MQ=255)
                cAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCt  >  1:283504/1‑60 (MQ=255)
                    |                                                       
ATTACAAAGTGCGTGGCAATCTGCGCTACGGCATGTCGAAAAGTATGGTCGATCAGTTCGATAAGCTGGTGGCGCT  >  W3110S.gb/797244‑797319

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A