Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F28 I3 R1	375	42.1	2927644	71.4%	2090337	57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,190,506	G→A	L71L (TTG→TTA)	yohN →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,190,506	0	G	A	98.7%	248.6 / ‑4.6	75	L71L (TTG→TTA)	yohN	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (0/74); total (0/75)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01

TGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCG > W3110S.gb/2190479‑2190558

tGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACt                    <  1:1170617/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAAGCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:857353/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2693154/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2733442/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2666993/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2610732/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2610411/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2610409/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2580550/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2513730/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2410913/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2408106/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2398573/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2355178/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2313989/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2233323/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2102297/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2090824/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2714196/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1038269/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2812346/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2854397/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2880381/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:341558/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:434029/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:439535/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:442490/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:570756/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:652314/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:790310/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:848247/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:867337/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:86735/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2025268/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1023007/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1061441/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1082855/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1083569/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1139061/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1142006/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:124067/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1285514/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1300/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1328505/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1376524/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1412757/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1443759/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1522348/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1582267/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1966534/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2014223/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1870807/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1855584/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2015762/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2087017/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1790728/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1790012/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:174265/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCAGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1424553/62‑1 (MQ=255)

                  gTGGCAGTTACGTAACCTGCCAGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1427907/62‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTATCCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1976509/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:849146/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:9539/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1125210/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:725692/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2274131/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:615259/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:517666/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1153728/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1885755/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:369215/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2876566/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2430975/61‑1 (MQ=255)

                   tGGCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:1550827/61‑1 (MQ=255)

                    ggCAGTTACGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGgcg  <  1:2130875/60‑1 (MQ=255)

TGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCG > W3110S.gb/2190479‑2190558

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A