Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,851,762 |
C→T |
G404G (GGC→GGT) |
sppA → |
protease IV |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,851,762 | 0 | C | T | 100.0%
| 86.7
/ NA
| 28 | G404G (GGC→GGT) | sppA | protease IV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/15); total (13/15) |
TCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAT > W3110S.gb/1851705‑1851812
|
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCATCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggca < 1:2132563/62‑1 (MQ=255)
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggca < 1:4151759/62‑1 (MQ=255)
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggca < 1:3420603/62‑1 (MQ=255)
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggca < 1:1299507/62‑1 (MQ=255)
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggca < 1:2341275/62‑1 (MQ=255)
tCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggc < 1:890497/61‑1 (MQ=255)
gAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggcatggcggc < 1:2891996/62‑1 (MQ=255)
aaCTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtggcatggcggc < 1:1567319/61‑1 (MQ=255)
cTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATc < 1:3641974/62‑1 (MQ=255)
tGGTAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCt < 1:1731022/62‑1 (MQ=255)
tGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCt < 1:178106/62‑1 (MQ=255)
tGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCt < 1:3368666/62‑1 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGTAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:885955/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:4364347/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:3483818/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:3805902/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:3934073/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:3988960/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:3534434/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:462668/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:4654828/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:623015/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:1092507/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:16633/1‑48 (MQ=255)
ggCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggtgg > 1:1354130/1‑48 (MQ=255)
ccGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACt < 1:4428920/62‑1 (MQ=255)
cGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTcc > 1:4057028/1‑62 (MQ=255)
cGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTcc > 1:238988/1‑62 (MQ=255)
tAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCAc > 1:1239254/1‑60 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTTGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:2500609/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:1289369/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:3588768/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:673881/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:1825904/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:4486221/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:2820637/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa > 1:3896525/1‑61 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCAACGcc > 1:3512127/1‑60 (MQ=255)
gCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTACACGCCa > 1:19610/1‑61 (MQ=255)
gTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAt < 1:2044203/62‑1 (MQ=255)
gTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAt < 1:1497569/62‑1 (MQ=255)
gTATCGATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAt < 1:1745422/62‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:2833730/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:4309117/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:50024/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:1798173/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:747999/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:3535840/48‑1 (MQ=255)
gATGGGTGGCATGGCGGCATCTGGTGGGTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:2760328/48‑1 (MQ=39)
|
TCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAT > W3110S.gb/1851705‑1851812
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
