Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,878,701 |
C→T |
P27S (CCG→TCG) |
yeaO → |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,878,701 | 0 | C | T | 100.0%
| 135.8
/ NA
| 42 | P27S (CCG→TCG) | yeaO | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (19/23); total (19/23) |
CGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGCCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGAA > W3110S.gb/1878654‑1878751
|
ctgCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:837207/3‑61 (MQ=255)
cGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:110500/1‑61 (MQ=255)
cGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:1274349/1‑61 (MQ=255)
cGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:4053161/1‑61 (MQ=255)
cGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:1957572/1‑61 (MQ=255)
cGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCaa > 1:714568/1‑61 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:1029504/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:3668118/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:3105605/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:4066526/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:1752448/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:4667007/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:1528775/62‑1 (MQ=255)
agCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGAttt < 1:1448376/62‑1 (MQ=255)
gCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTa > 1:2587656/1‑62 (MQ=255)
gCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTa > 1:2662351/1‑62 (MQ=255)
tGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:533849/62‑1 (MQ=255)
tGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:1464240/62‑1 (MQ=255)
tGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:2909874/62‑1 (MQ=255)
tGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:791521/62‑1 (MQ=255)
tGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:3281029/62‑1 (MQ=255)
ggTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGccc < 1:3611066/61‑1 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGc > 1:1058604/1‑52 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga < 1:1305200/61‑1 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga > 1:727188/1‑61 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga < 1:4515300/61‑1 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga < 1:4383107/61‑1 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga < 1:3829545/61‑1 (MQ=255)
gCATACTGGTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTtgatga < 1:3955989/61‑1 (MQ=255)
ggTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATa < 1:937331/62‑1 (MQ=255)
ggTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATa < 1:2684235/62‑1 (MQ=255)
ggTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATa < 1:2771013/62‑1 (MQ=255)
ggTCGACCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATa < 1:3541187/62‑1 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTg > 1:313094/1‑52 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTg > 1:1713381/1‑52 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTg > 1:1706806/1‑52 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGaa > 1:3406239/1‑62 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGaa > 1:560202/1‑62 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGaa > 1:1592658/1‑62 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGaa > 1:3552621/1‑62 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGaa > 1:3537300/1‑62 (MQ=255)
aCCGCCTCTGGTCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGa > 1:1433947/1‑61 (MQ=255)
|
CGGCTGAACAGAGCGATGGTTATCGCATACTGGTCGACCGCCTCTGGCCGCGCGGTATCAAAAAAACCGATTTAGCCCTTGATGAGTGGGATAAAGAA > W3110S.gb/1878654‑1878751
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
