Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R2 90 19.5 1203533 67.3% 809977 57.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,223,787 A→G D300G (GAT→GGT)  panF → pantothenate:sodium symporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,223,7870AG100.0% 445.2 / NA 119D300G (GAT→GGT) panFpantothenate:sodium symporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (116/3);  total (116/3)

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

TTCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGCC  >  minE/2223733‑2223838
                                                      |                                                   
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:460569/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:647615/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:646244/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:637758/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:623176/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:58483/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:234400/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:578739/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:495092/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:961739/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:289713/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:302150/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:32116/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:328846/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:419197/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:397291/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:366295/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:382771/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:693811/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:1012580/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:944350/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:897836/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:859990/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:1026293/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:857885/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:843361/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:828482/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:798454/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:785458/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:76671/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:1122629/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:70231/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:128761/1‑61 (MQ=255)
ttCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:652458/1‑61 (MQ=255)
ttCTGAAGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTCATCCCCGGTCTCAc                                               >  1:176177/1‑61 (MQ=255)
                                     tCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAg         <  1:715996/62‑1 (MQ=255)
                                     tCGGGCGGTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAg         <  1:205834/62‑1 (MQ=255)
                                      cGGGCGGTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAg         <  1:452180/61‑1 (MQ=255)
                                            gcgATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:205653/3‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGCCCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:241948/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGTTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:371979/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGCTCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:968656/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGCTCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:170036/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGAt                             >  1:78224/1‑35 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTaa                  >  1:886205/1‑46 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTaaaa          >  1:1174792/1‑54 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:105540/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:709643/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1156575/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:736907/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1119601/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1104878/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1069399/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:810238/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:811391/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:817619/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:827456/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:105696/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:702009/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:845931/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:84838/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1029027/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1020477/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:880002/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:882265/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:883643/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1018936/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:916671/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1018490/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:955389/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1012010/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:1004555/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:259757/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:354222/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:408560/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:413379/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:352055/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:419295/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:44368/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:289096/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:267762/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:2644/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:49945/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:550361/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:560117/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:571814/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:378739/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:217053/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:605092/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:608645/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:609781/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:614969/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:620052/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:21644/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:215148/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:640424/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:172062/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:152925/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:66763/1‑62 (MQ=255)
                                            gTGATCCCCGGTCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGcc  >  1:137113/1‑62 (MQ=255)
                                                      |                                                   
TTCTGATGTTCGGTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGCC  >  minE/2223733‑2223838

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A