Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R2 57 53.4 717274 8.4% 60251 54.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,551,698 C→T L862L (CTG→TTG)  fdnG → formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,551,6980CT100.0% 659.1 / NA 262L862L (CTG→TTG) fdnGformate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (262/0);  total (262/0)

Only 100 of 262 total aligned reads displayed.

CACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACG  >  W3110S.gb/1551688‑1551749
          |                                                   
cACTAACCCGTTGCATCCTAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:669437/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGTTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:318129/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTACCCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:264446/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTACCCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:278213/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCg                   >  1:153196/1‑45 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGaa   >  1:141839/1‑60 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:488669/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:55576/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:55236/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:542274/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:528877/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:52072/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:517794/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:511035/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:505186/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:501388/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:497201/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:562494/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:484362/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:482503/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:479366/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:462053/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:457068/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:453276/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:447630/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:446025/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:440363/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:42913/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:651818/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:943/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:84236/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:80774/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:74766/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:707207/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:704740/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:6898/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:685802/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:677363/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:668536/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:654370/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:559286/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:638012/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:635604/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:624482/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:606593/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:60463/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:597260/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:589159/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:585712/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:571250/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:569039/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:397296/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:163756/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:24635/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:426920/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:235302/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:225501/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:224150/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:21295/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:209269/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:199352/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:185635/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:177759/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:177378/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:244500/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:156859/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:150311/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:149635/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:144368/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:128758/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:125619/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:123843/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:119308/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:11313/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:111145/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:339394/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:410128/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:107132/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:390194/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:385077/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:378567/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:370659/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:36400/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:35712/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:347394/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:346209/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:250691/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:331718/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:327260/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:313983/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:308408/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:3064/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:299438/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:285909/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:272590/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:268152/1‑62 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAc   >  1:289184/1‑61 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAc   >  1:229495/1‑61 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAc   >  1:114099/1‑61 (MQ=255)
cACTAACCCGTTGCAGCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGAcg  >  1:661949/1‑62 (MQ=255)
          |                                                   
CACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACG  >  W3110S.gb/1551688‑1551749

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A