Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R2 57 53.4 717274 8.4% 60251 54.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,135,882 A→G Y636Y (TAT→TAC)  wzc ← protein‑tyrosine kinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,135,8820AG100.0% 630.2 / NA 229Y636Y (TAT→TAC) wzcprotein‑tyrosine kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/229);  total (0/229)

Only 100 of 229 total aligned reads displayed.

ACAATTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCATAGT  >  W3110S.gb/2135826‑2135886
                                                        |    
acaaTTACCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:21554/61‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCTCTGCCAGAATCGGCGCCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:372899/58‑1 (MQ=38)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGTCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:338150/58‑1 (MQ=39)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCTGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:36528/58‑1 (MQ=39)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCTGGTCGTAGt  <  1:269665/58‑1 (MQ=38)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:576129/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:586805/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:572507/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:566913/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:564968/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:561981/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:541643/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:529570/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:52126/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:507802/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:504376/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:497750/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:494744/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:49328/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:492414/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:484768/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:481672/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:478297/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:471823/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:454462/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:452858/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:438898/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:673848/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:89551/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:86086/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:83701/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:83125/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:80645/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:73446/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:708427/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:706688/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:698783/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:696695/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:68893/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:68592/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:577114/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:659067/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:652666/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:644873/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:640474/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:632307/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:631741/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:630175/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:619986/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:612035/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:605232/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:603597/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:428873/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:172197/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:24132/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:236358/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:233217/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:222455/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:220070/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:212196/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:204910/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:19651/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:188718/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:184074/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:176048/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:256244/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:16271/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:159190/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:156212/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:14953/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:13465/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:132171/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:125775/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:115911/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:114056/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:11018/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:260295/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:103801/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:419772/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:394066/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:367216/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:361443/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:356685/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:351240/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:340603/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:329279/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:328323/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:311854/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:302187/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:296430/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:283253/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:279781/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:274168/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:270439/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:266905/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:260782/58‑1 (MQ=255)
   aTTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:433609/58‑1 (MQ=255)
     tGCCGCATCGGTCTCTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:286984/56‑1 (MQ=38)
                     gCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:170617/40‑1 (MQ=255)
                         gAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCGTAGt  <  1:429534/36‑1 (MQ=255)
                                                        |    
ACAATTGCCGCATCGGTCACTGCCAGAATCGGCGGCGTATCAATCAACACCAGGTCATAGT  >  W3110S.gb/2135826‑2135886

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A