Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R2 57 53.4 717274 8.4% 60251 54.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,181,833 T→A T22T (ACA→ACT)  fbaB ← fructose‑bisphosphate aldolase class I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,181,8330TA100.0% 584.3 / NA 233T22T (ACA→ACT) fbaBfructose‑bisphosphate aldolase class I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/233);  total (0/233)

Only 100 of 233 total aligned reads displayed.

ATGTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATTGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTC  >  W3110S.gb/2181800‑2181862
                                 |                             
  gtacGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:227584/58‑1 (MQ=255)
  gTCCGGTGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:649653/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGTGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:23642/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACTACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:461816/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACACCGGTGCGGTAAAAGGTTGTc  <  1:67829/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:49123/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:567816/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:549599/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:54810/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:543556/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:540364/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:530537/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:527097/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:520427/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:508841/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:502164/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:49685/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:581379/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:488459/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:48632/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:467299/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:459119/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:456981/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:438925/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:437704/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:431062/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:420674/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:627969/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:88974/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:86003/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:71324/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:711391/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:702800/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:69936/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:669962/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:660190/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:643226/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:631628/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:569837/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:621550/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:618181/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:611545/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:60641/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:602191/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:598585/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:588798/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:585480/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:42361/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:574893/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:183715/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:276886/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:416763/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:270000/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:268657/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:263131/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:25489/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:253367/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:220/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:205773/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:201195/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:198353/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:2757/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:172399/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:171530/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:153627/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:146129/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:133162/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:124563/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:122079/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:118700/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:112617/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:110385/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:284451/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:413390/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:41145/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:406774/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:398638/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:394225/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:388448/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:384461/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:381587/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:371898/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:367128/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:357435/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:348863/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:348416/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:332377/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:324529/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:364289/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:313623/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:303022/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:296420/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:28990/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGGTGTc  <  1:143910/61‑1 (MQ=255)
  gTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGGTGTc  <  1:683803/61‑1 (MQ=255)
   tCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:101929/60‑1 (MQ=255)
   tCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:281635/60‑1 (MQ=255)
   tCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:76558/60‑1 (MQ=255)
         gagaTAAAGCTGGTCAGAAGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:692537/54‑1 (MQ=255)
                          aaGGAATAGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTc  <  1:715615/37‑1 (MQ=255)
                                 |                             
ATGTCCGGGGAGATAAAGCTGGTCAGAAGGAATTGTCATACAACGGTGCTGTAAAAGGTTGTC  >  W3110S.gb/2181800‑2181862

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A