Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R2 57 53.4 717274 8.4% 60251 54.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,420,621 C→T D143D (GAC→GAT)  pta → phosphate acetyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,420,6210CT100.0% 776.8 / NA 374D143D (GAC→GAT) ptaphosphate acetyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/374);  total (0/374)

Only 100 of 374 total aligned reads displayed.

TTATGTCTCAGGGCACTGACACCCCGGAACAGCTGAAAGAGCGTATCGAACTGACCCGCAACA  >  W3110S.gb/2420602‑2420664
                   |                                           
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGACCTGACTCGCAACa  <  1:220460/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCTCAACa  <  1:32289/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCATCa  <  1:682474/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:522619/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:577380/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:573776/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:568367/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:560049/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:552949/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:551181/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:54504/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:54221/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:532466/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:525607/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:58133/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:517111/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:507110/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:506414/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:499115/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:484673/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:478200/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:457101/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:438544/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:431470/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:42455/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:102911/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:656050/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:9190/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:83355/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:7773/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:716869/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:712972/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:707575/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:699869/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:695429/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:679481/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:66494/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:658127/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:579865/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:646299/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:638198/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:631466/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:62413/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:616024/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:612953/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:604571/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:595038/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:588717/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:42290/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:196779/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:283677/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:270562/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:26031/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:253826/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:245285/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:239238/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:230090/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:224575/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:218342/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:203654/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:199550/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:271286/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:193227/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:18232/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:1677/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:160761/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:151921/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:148922/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:144835/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:142031/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:125984/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:116419/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:108905/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:352205/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:398143/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:394267/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:386737/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:37818/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:404992/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:362778/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:359421/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:348848/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:344303/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:336706/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:332666/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:325123/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:316360/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:311627/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:304884/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:295817/62‑1 (MQ=255)
 tATGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACCCGCAACa  <  1:666167/62‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:416648/61‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:409036/61‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:131263/61‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:445162/61‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:4703/61‑1 (MQ=255)
  aTGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:187899/61‑1 (MQ=255)
   tGTCTCAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:371706/60‑1 (MQ=255)
       tcAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:402649/56‑1 (MQ=255)
        cAGGGCACTGATACTCCGGAACAGTTGAAAGAGCGTATCGAACTGACTCGCAACa  <  1:449584/55‑1 (MQ=255)
                   |                                           
TTATGTCTCAGGGCACTGACACCCCGGAACAGCTGAAAGAGCGTATCGAACTGACCCGCAACA  >  W3110S.gb/2420602‑2420664

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A