Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F21 I0 R1
|
1009 |
73.8 |
4146436 |
87.4% |
3623985 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,333,257 |
G→A |
49.2% |
A236T (GCT→ACT) |
fdoG → |
formate dehydrogenase‑O, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,333,257 | 0 | G | A | 49.2%
| 0.8
/ 68.2
| 49 | A236T (GCT→ACT) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/13); new base A (14/10); total (25/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTGATCG > minE/2333189‑2333326
|
tGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGc > 1:2749621/1‑70 (MQ=255)
gtccaagcaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACt > 1:5655/3‑70 (MQ=21)
gACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCt > 1:2863198/1‑70 (MQ=255)
accaaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTc > 1:2491569/1‑70 (MQ=255)
accaaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCa > 1:1515409/1‑71 (MQ=255)
caaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCAcc < 1:3504850/71‑1 (MQ=255)
accaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCg < 1:2195045/71‑1 (MQ=255)
cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCg < 1:847366/71‑1 (MQ=255)
cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGt > 1:3272386/1‑69 (MQ=255)
cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCg > 1:4051634/1‑71 (MQ=255)
gTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGtt < 1:2556710/71‑1 (MQ=255)
tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTc < 1:825287/71‑1 (MQ=255)
tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTc < 1:3338127/71‑1 (MQ=255)
tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTc < 1:1526003/71‑1 (MQ=255)
gACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCg < 1:3961117/60‑1 (MQ=255)
gACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTcc < 1:2923405/70‑1 (MQ=255)
aTCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTg > 1:3119398/1‑71 (MQ=255)
tCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTgg < 1:1107496/71‑1 (MQ=255)
aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACt > 1:2898011/1‑48 (MQ=255)
aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTggg > 1:2609309/1‑70 (MQ=255)
aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:259932/71‑1 (MQ=255)
aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:3323328/71‑1 (MQ=255)
aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc > 1:515422/1‑71 (MQ=255)
aGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:1706210/70‑1 (MQ=255)
gAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGa > 1:2961921/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAATCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATgg < 1:2678856/71‑1 (MQ=255)
gtcgtGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGa > 1:3636221/1‑58 (MQ=255)
cgtGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAAtt > 1:803024/1‑70 (MQ=255)
gtggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTca > 1:2853201/1‑71 (MQ=255)
gtggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTca > 1:2380606/1‑71 (MQ=255)
tggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:1825905/71‑1 (MQ=255)
tggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:2614498/71‑1 (MQ=255)
gtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACaa > 1:3603193/1‑71 (MQ=255)
aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:592699/66‑1 (MQ=255)
aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACgg > 1:896815/1‑71 (MQ=255)
aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACg > 1:2431790/1‑70 (MQ=255)
ggCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACaa > 1:3855684/1‑65 (MQ=255)
ggTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATgg < 1:3762197/46‑1 (MQ=255)
ggTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGcgcg > 1:837453/1‑69 (MQ=255)
gTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGAt < 1:1664601/43‑1 (MQ=255)
tAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:61033/58‑1 (MQ=255)
tAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGAt < 1:236556/42‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCt > 1:2659143/1‑71 (MQ=255)
aaCGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATg > 1:841219/1‑42 (MQ=255)
aaCGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGGAGCCaaaa > 1:1848011/1‑52 (MQ=25)
cgccgcTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAAtt < 1:998096/52‑1 (MQ=255)
aaGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTgatc > 1:1991607/1‑71 (MQ=255)
aaGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTga < 1:1795111/69‑1 (MQ=255)
aGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTgatcg < 1:936865/71‑1 (MQ=255)
|
TGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTGATCG > minE/2333189‑2333326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
