Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A4 F28 I2 R1 4 84.6 942431 16.1% 151731 54.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,409,493 A→G Y59Y (TAT→TAC)  yejG ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,409,4930AG100.0% 2983.3 / NA 923Y59Y (TAT→TAC) yejGhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/923);  total (0/923)

Only 100 of 923 total aligned reads displayed.

GAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACC  >  minE/1409452‑1409502
                                         |         
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGTTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:320799/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:600094/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:694817/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:689818/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:681703/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:67417/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:665084/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:658174/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:650975/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:643664/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:634082/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:622518/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:608497/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:701857/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:594261/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:590754/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:581216/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:572865/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:54976/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:543052/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:533925/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:528647/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:51815/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:10017/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:500287/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:802944/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:938301/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:930966/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:920464/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:909990/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:903687/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:891648/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:884297/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:861186/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:851705/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:82909/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:822682/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:505052/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:796382/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:787401/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:777297/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:773180/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:76772/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:760353/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:754358/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:745704/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:731235/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:720756/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:71142/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:200731/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:306322/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:492813/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:284476/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:277981/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:266466/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:262998/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:254666/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:231868/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:224106/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:219343/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:209239/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:295004/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:196119/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:190972/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:184527/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:176401/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:161445/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:157976/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:152008/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:141288/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:133802/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:124066/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:107902/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:337353/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:483660/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:467890/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:458632/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:453268/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:443387/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:438099/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:430087/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:425778/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:420785/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:415164/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:410022/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:396551/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:387361/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:38191/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:375046/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:368683/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:365631/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:355904/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:347247/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:328794/51‑1 (MQ=255)
gAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTCGTACATCAcc  <  1:239065/51‑1 (MQ=255)
 aaCATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:40422/50‑1 (MQ=255)
 aaCATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:87453/50‑1 (MQ=255)
 aaCATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:56014/50‑1 (MQ=255)
              gATGTCGCTTATCGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:812681/37‑1 (MQ=38)
               aTGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTGTACATCAcc  <  1:841564/36‑1 (MQ=255)
                                         |         
GAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACC  >  minE/1409452‑1409502

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A