Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F28 I3 R2
|
52 |
92.4 |
4932871 |
87.1% |
4296530 |
63.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,657,320 |
A→G |
S531G (AGT→GGT) |
ppk → |
polyphosphate kinase, component of RNA degradosome |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,657,320 | 0 | A | G | 100.0%
| 250.1
/ NA
| 67 | S531G (AGT→GGT) | ppk | polyphosphate kinase, component of RNA degradosome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (40/27); total (40/27) |
CTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCAGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGTTGATCGTCTGT > minE/1657266‑1657377
|
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:56028/64‑1 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:1341127/64‑1 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:3103230/64‑1 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:3872178/64‑1 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:2367534/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:307944/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:3102239/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:2167126/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:1115534/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:3534258/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:2820679/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:4578810/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:4597003/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:4786776/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:4851434/1‑69 (MQ=255)
cTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTg > 1:112824/1‑69 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:3746912/62‑1 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCAcc > 1:3432524/1‑64 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCAcc > 1:4144696/1‑64 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCAcc > 1:2757623/1‑64 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCAcc > 1:1357628/1‑64 (MQ=255)
aTTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCAcc > 1:1250318/1‑64 (MQ=255)
tATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTaaa > 1:3150893/1‑71 (MQ=255)
gACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCg < 1:4171571/70‑1 (MQ=255)
aCCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCa < 1:2955203/45‑1 (MQ=255)
aCCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCg < 1:698945/69‑1 (MQ=255)
ccGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCGGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATa < 1:3972151/71‑1 (MQ=255)
ccGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATa < 1:2674178/71‑1 (MQ=255)
ccGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATa < 1:1899877/71‑1 (MQ=255)
ccGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATa < 1:1307088/71‑1 (MQ=255)
ccGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATa < 1:2956789/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:3229464/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:607156/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:308456/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:1518523/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:4563910/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:1728980/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:4097452/71‑1 (MQ=255)
aTCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:3968559/71‑1 (MQ=255)
tCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:2178701/70‑1 (MQ=255)
tCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCt < 1:4006859/70‑1 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:791866/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:931370/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:3288805/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:1849857/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:35171/1‑71 (MQ=255)
cGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTgg > 1:3488309/1‑71 (MQ=255)
aCGCGCAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCg < 1:4787075/54‑1 (MQ=255)
gcgcAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGtt > 1:603581/1‑66 (MQ=255)
gcgcAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGtt > 1:3768267/1‑66 (MQ=255)
gcgcAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGtt > 1:3733742/1‑66 (MQ=255)
gcgcAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGtt > 1:4482041/1‑66 (MQ=255)
gcgcAGCAAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGtt > 1:194465/1‑66 (MQ=255)
gcgcAGCAAGCGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:2531222/1‑65 (MQ=255)
gcaAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGTTGATCGTCTGt < 1:2134514/71‑1 (MQ=255)
gcaAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGTTGATAGTCTGt < 1:8207/71‑1 (MQ=255)
caAGGGCTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGTTGATCGTCTGt < 1:2284754/70‑1 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATACCCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:3757281/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:4720566/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:1587730/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:3338941/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:4860179/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:3813645/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:620123/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:2168261/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:716639/1‑53 (MQ=255)
cTGCCCGGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGt > 1:1760075/1‑53 (MQ=255)
|
CTATTGTATGAAATGGTGGACCGCGAGATCGCCAACGCGCAGCAAGGGCTGCCCAGTGGTATCACCCTGAAGCTAAATAACCTTGTCGATAAAGGCCTGGTTGATCGTCTGT > minE/1657266‑1657377
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
