Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I2 R1 60 60.8 348784 8.9% 31041 54.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,823,786 T→A G149G (GGA→GGT)  mltB ← membrane‑bound lytic murein transglycosylase B

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,823,7860TA100.0% 733.3 / NA 339G149G (GGA→GGT) mltBmembrane‑bound lytic murein transglycosylase B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (339/0);  total (339/0)

Only 100 of 339 total aligned reads displayed.

GCCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACTCC  >  W3110S.gb/2823734‑2823788
                                                    |  
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:288084/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:340383/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:338345/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:334001/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:33125/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:32955/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:320863/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:315982/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:310684/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:308361/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:305004/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:299134/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:29341/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:344850/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:283986/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:28010/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:277523/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:273503/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:270124/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:267159/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:265183/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:261366/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:258303/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:255345/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:100992/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:70189/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:99234/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:97066/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:95486/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:93125/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:89201/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:88096/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:87791/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:85974/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:80205/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:77957/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:72549/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:252767/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:65324/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:62621/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:61020/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:56772/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:54764/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:51152/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:49885/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:47655/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:46329/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:42412/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:3749/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:137179/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:175871/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:170601/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:169238/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:167163/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:16560/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:16246/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:160497/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:156172/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:154009/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:1532/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:146758/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:140303/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:177366/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:135732/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:131366/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:128405/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:125117/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:120658/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:11745/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:112814/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:106909/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:105579/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:10336/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:103030/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:17889/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:247680/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:244962/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:242868/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:241298/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:239018/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:237884/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:234385/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:231857/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:228030/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:227124/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:225842/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:218426/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:21541/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:209128/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:206362/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:202438/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:201397/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:197735/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:193071/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:188508/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:184934/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:182790/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:249504/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCAGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:35212/1‑55 (MQ=255)
gcCCCCAGAGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACAcc  >  1:292538/1‑55 (MQ=255)
                                                    |  
GCCCCCAGCGGGTTTCAACGCCGATAATCCCGACGATAATTTCCGGCGGTACTCC  >  W3110S.gb/2823734‑2823788

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A