Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A4 F28 I1 R1 23 269.7 1142540 16.0% 182806 54.7

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,217,280 C→T A445A (GCG→GCA)  yhdA ← conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,217,2800CT100.0% 1303.5 / NA 448A445A (GCG→GCA) yhdAconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/448);  total (0/448)

Only 100 of 448 total aligned reads displayed.

CCAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCCGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAT  >  minE/2217251‑2217312
                             |                                
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:597497/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:752295/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:746715/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:736300/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:723788/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:709657/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:703920/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:693678/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:681075/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:653889/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:648956/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:635101/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:624184/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:761332/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:592054/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:581029/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:572786/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:55823/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:55037/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:544228/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:527812/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:515027/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:507011/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:489690/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1003617/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:875918/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:995128/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:979661/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:968998/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:958937/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:94804/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:936594/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:931379/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:924015/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:915990/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:910483/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:900249/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:885098/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:475486/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:86790/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:863132/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:858781/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:846831/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:834422/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:821142/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:814356/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:803575/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:796070/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:786707/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:774907/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1116306/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:223645/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:2114/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:194585/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:180398/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:173290/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:161326/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:147023/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:14198/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:129621/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:122005/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1133493/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1125749/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:239264/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1109942/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:110130/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:108759/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1079960/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1067911/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1058303/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:105259/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1046684/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:104/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:102981/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:1014710/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:326723/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:448953/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:437522/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:424921/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:413416/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:399937/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:395125/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:380995/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:361251/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:351519/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:332630/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:465452/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:317772/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:307395/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:288151/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:275035/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:267612/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:260137/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:256035/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:242386/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGATAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:293607/62‑1 (MQ=255)
ccAAACTGCAACACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:388607/62‑1 (MQ=255)
 cAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:407039/61‑1 (MQ=255)
                tCGGCATATACTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:246325/46‑1 (MQ=255)
                      tataCTCTGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAt  <  1:662851/40‑1 (MQ=255)
                             |                                
CCAAACTGCAAGACCATCGGCATATACTCCGCCGAGCTAACCTCTTCATTACCATCGAAGAT  >  minE/2217251‑2217312

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A