Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A4 F28 I1 R1 23 269.7 1142540 16.0% 182806 54.7

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,421,322 T→C L338L (TTA→TTG)  wzxE ← O‑antigen translocase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,421,3220TC99.7% 2250.5 / ‑5.1 763L338L (TTA→TTG) wzxEO‑antigen translocase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (0/761);  minor base A (0/2);  total (0/763)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01

Only 100 of 763 total aligned reads displayed.

CGATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACTAACTGCCAGG  >  minE/2421270‑2421332
                                                    |          
 taTCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACCGCCAgg  <  1:729596/61‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACAGATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:197260/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgt  <  1:148409/62‑2 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:637869/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:787417/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:770821/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:75847/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:741370/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:708054/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:682942/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:676571/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:66217/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:650267/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:810189/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:609386/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:896288/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:25210/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:119483/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:1034167/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:1025512/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:1014921/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:28145/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:484547/62‑1 (MQ=255)
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 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:459405/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:454893/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:444792/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:438641/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:430891/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:418987/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:406267/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:383043/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:376900/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:358355/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:348948/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:340157/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:332012/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:323173/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:315167/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:305339/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:298050/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:497658/62‑1 (MQ=255)
 gATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCAACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:717046/62‑1 (MQ=255)
  aTCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:392155/61‑1 (MQ=255)
  aTCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:79357/61‑1 (MQ=255)
         gATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:691892/54‑1 (MQ=255)
             aCCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACCAACTGCCAgg  <  1:1001585/50‑1 (MQ=255)
                                                    |          
CGATCACCAGATAACCAAAGACATAAGCGCCCACTTTTAACACATCACCCACTAACTGCCAGG  >  minE/2421270‑2421332

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A