Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A4 F28 I3 R1 10 35.2 319432 24.6% 78580 50.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,288,178 C→A I213I (ATC→ATA)  argE → acetylornithine deacetylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,288,1780CA99.9% 2130.5 / ‑4.1 753coding (639/1152 nt)argEacetylornithine deacetylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base A (752/0);  minor base . (1/0);  total (753/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01

Only 100 of 753 total aligned reads displayed.

AGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTAATGCACGACGCCATCGGGCATATTTTGC  >  minE/2288128‑2288191
                                                  |             
aGCGATCCGGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:53188/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCTCGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:114128/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCatatat     >  1:116248/1‑59 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCatat       >  1:66538/1‑59 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:277602/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:308241/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:303260/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:296807/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:294794/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:292529/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:288352/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:285856/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:284554/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:283909/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:281580/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:279674/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:31849/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:275475/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:271895/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:271063/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:270487/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:266787/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:264931/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:26148/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:260031/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:100264/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:251891/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:68479/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:9653/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:94082/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:9301/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:90049/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:85244/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:82301/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:7993/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:75562/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:73756/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:71747/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:310598/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:64917/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:60179/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:51517/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:49769/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:4318/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:41355/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:35695/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:33596/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:255708/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:31453/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:138584/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:178503/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:250196/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:172293/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:168534/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:165368/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:162203/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:159639/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:157161/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:152752/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:150607/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:14675/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:174382/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:134958/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:132970/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:13083/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:127703/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:122365/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:12095/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:109680/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:108101/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:106507/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:103073/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:183046/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:248268/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:246030/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:241889/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:239912/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:236810/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:234033/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:228439/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:224253/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:222802/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:21949/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:216323/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:213418/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:21019/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:206299/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:202492/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:200239/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:197208/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:194159/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:190597/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:186029/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:181468/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAtt      >  1:78076/1‑60 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAtt      >  1:37902/1‑60 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCACAttt     >  1:306930/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGCGCATAttt     >  1:45739/1‑61 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTGAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAtt      >  1:148515/1‑60 (MQ=255)
aGCGATCCAGCACGCGGAGTAAACGCTATCGAACTGATGCACGACGCCATAGGGCATAttt     >  1:56925/1‑61 (MQ=255)
                                                  |             
AGCGATCCAGCACGCGGAGTTAACGCTATCGAACTAATGCACGACGCCATCGGGCATATTTTGC  >  minE/2288128‑2288191

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A