Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I2 R2
|
38 |
6089.5 |
1044078 |
7.4% |
77261 |
54.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,493,005 |
A→T |
V130V (GTA→GTT) |
cybB → |
cytochrome b561 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,493,005 | 0 | A | T | 99.9%
| 1605.8
/ NA
| 677 | V130V (GTA→GTT) | cybB | cytochrome b561 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (0/675); minor base G (0/1); total (0/677) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 677 total aligned reads displayed.
TTGGTTTGACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTAGATAGCTTAAAGTCGT > W3110S.gb/1492959‑1493021
|
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:656558/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:7578/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:746859/62‑1 (MQ=255)
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tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:127785/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:110372/62‑1 (MQ=255)
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tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:335657/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:522664/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:485380/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:47275/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:459909/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:452891/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:444265/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:437035/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:428323/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:419985/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:400269/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:329397/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:342042/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:355655/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:38456/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:371183/62‑1 (MQ=255)
tggtttgACGATGCCTTACGCTTAAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:113508/62‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGGGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:406289/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:663858/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:99371/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:953337/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:600257/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:673223/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:642172/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:804946/61‑1 (MQ=255)
ggtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:212245/61‑1 (MQ=255)
gtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:913163/60‑1 (MQ=255)
gtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:811575/60‑1 (MQ=255)
gATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:348289/53‑1 (MQ=255)
gCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt < 1:36168/50‑1 (MQ=255)
|
TTGGTTTGACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTAGATAGCTTAAAGTCGT > W3110S.gb/1492959‑1493021
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
