Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I2 R2 38 6089.5 1044078 7.4% 77261 54.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,764,605 G→T I373I (ATC→ATA)  sufB ← component of SufBCD complex

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,764,6050GT100.0% 1763.5 / NA 739I373I (ATC→ATA) sufBcomponent of SufBCD complex
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (0/739);  total (0/739)

Only 100 of 739 total aligned reads displayed.

TATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCA  >  W3110S.gb/1764580‑1764642
                         |                                     
 aTGTCCTGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:814230/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGATATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:268817/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCTATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:748810/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:661001/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:74508/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:738361/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:72173/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:714335/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:70995/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:702074/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:69475/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:687833/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:679174/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:669615/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:768548/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:651690/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:641365/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:631204/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:624403/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:618124/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:608221/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:596611/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:589215/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:579097/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:570467/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:562720/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:555148/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:88586/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:987336/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:97861/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:963734/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:956085/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:951189/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:9446/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:93955/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:925848/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:922147/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:907660/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:901174/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:756523/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:874216/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:860268/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:852042/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:839720/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:836605/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:827231/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:807123/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:794050/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:786292/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:780708/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:54443/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:19907/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:1000368/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:319068/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:306785/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:29097/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:279002/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:248635/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:237832/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:229658/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:219570/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:211318/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:205171/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:325561/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:192969/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:185609/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:174842/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:164576/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:128142/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:118404/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:108735/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:1031229/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:1017005/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:1012605/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:443682/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:534785/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:525299/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:519472/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:504726/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:498436/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:486918/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:477421/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:47352/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:463199/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:452860/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:332284/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:437842/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:426926/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:417335/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:410135/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:405970/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:398642/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:388087/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:37594/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:365566/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:351392/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGGCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:15122/62‑1 (MQ=255)
 aTGTCCGGCAGAGATCACTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:29899/62‑1 (MQ=255)
  tGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:142487/61‑1 (MQ=255)
            agaTCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca  <  1:339856/51‑1 (MQ=255)
                         |                                     
TATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCA  >  W3110S.gb/1764580‑1764642

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A