Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I2 R2 38 6089.5 1044078 7.4% 77261 54.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,358,500 T→C V395A (GTT→GCT)  glpA → sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (anaerobic), large subunit, FAD/NAD(P)‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,358,5000TC100.0% 1779.2 / NA 696V395A (GTT→GCT) glpAsn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (anaerobic), large subunit, FAD/NAD(P)‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (696/0);  total (696/0)

Only 100 of 696 total aligned reads displayed.

CGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTT  >  W3110S.gb/2358492‑2358553
        |                                                     
cggtGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:438749/4‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcctgcctg                          >  1:1002753/1‑38 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcctgcctg                          >  1:56026/1‑38 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCatgcctgc                         >  1:142126/1‑39 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGcccc                      >  1:873307/1‑42 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTg                  >  1:917941/1‑46 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGGGCGGTTCTGCGGtt   >  1:77549/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCt         >  1:975377/1‑55 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGc       >  1:894183/1‑57 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGGGGttt  >  1:944744/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGttt   >  1:366095/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:65138/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:708782/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:656541/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:671510/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:674743/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:681606/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:698498/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:758657/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:62613/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:61647/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:609735/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:604382/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:600533/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:586306/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:577650/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:542436/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:534921/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:836274/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:989951/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:963787/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:958642/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:953223/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:936534/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:921908/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:904676/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:876512/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:843266/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:723345/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:824494/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:819023/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:808381/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:80195/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:783349/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:771015/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:553728/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:742093/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:730579/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:176665/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:312857/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:290309/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:525738/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:256108/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:244308/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:228103/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:220033/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:209164/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:204502/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:188095/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:265247/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:166656/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:149626/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:13456/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:125245/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:120891/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:111358/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:1040697/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:1030575/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:101842/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:1009050/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:478945/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:415559/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:322069/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:429020/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:3973/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:458824/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:3910/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:376203/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:355480/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:4934/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:340204/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:513452/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:330472/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:521346/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:200183/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:503525/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:451813/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:88208/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:407544/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:864031/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:662481/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:347337/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:797933/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:275613/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt   >  1:297961/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGt    >  1:852481/1‑60 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGAGGttt  >  1:636481/1‑62 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTCCTGCGGtt   >  1:814498/1‑61 (MQ=255)
cGCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCCGTTCTGCGGttt  >  1:900896/1‑62 (MQ=255)
agCTGAAGCTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt  >  1:446804/2‑62 (MQ=255)
        |                                                     
CGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTT  >  W3110S.gb/2358492‑2358553

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A