Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A4 F28 I2 R2 42 122.2 1899532 52.7% 1001053 56.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,720,956 G→T H178Q (CAC→CAA)  yfhA ← predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,720,9560GT87.9% 136.0 / 18.0 58H178Q (CAC→CAA) yfhApredicted DNA‑binding response regulator in two‑component system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/7);  new base T (51/0);  total (51/7)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-09
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01

TGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGC  >  minE/1720905‑1720970
                                                   |              
tGCGCCACAGTTAATAGCAATGAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:557234/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTgg             >  1:1749517/1‑55 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGcc       >  1:340503/1‑61 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGcat      >  1:257031/1‑60 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:36670/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1015737/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:212757/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:229606/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:270324/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:276372/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:277052/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:305886/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:332129/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:338166/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:343607/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1885097/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:424594/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:444379/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:540617/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:571131/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:671302/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:69096/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:706045/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:887549/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:911410/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:929810/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:956640/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:982593/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:186252/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1015751/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1031287/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1083251/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1121500/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1160940/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1361032/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:137308/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1400383/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1436938/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1510671/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1519913/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1541441/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1817114/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1882497/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1844747/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1836776/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1822541/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1599394/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1761446/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1742626/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:17399/1‑62 (MQ=255)
tGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTTTGGATAGCCt      >  1:1641553/1‑62 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:1217137/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:1206475/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:1819415/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:1723848/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:443028/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:441870/62‑1 (MQ=255)
    ccACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGc  <  1:975427/62‑1 (MQ=255)
                                                   |              
TGCGCCACAGTTAATAGCAATAAATGGTTTGCTGTTGCGCGGGCTGGCGTTGTGGATAGCCTGGGC  >  minE/1720905‑1720970

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A