Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,765,363 +T coding (361/1488 nt) sufB ← component of SufBCD complex

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,765,3601.T99.0% 373.1 / ‑3.2 101coding (364/1488 nt)sufBcomponent of SufBCD complex
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (1/0);  new base T (100/0);  total (101/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

TGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTC‑TT‑TACTTAAAAAGGC  >  W3110S.gb/1765312‑1765375
                                                 |                
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAACGGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1707208/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCTCCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:250984/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCCCCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:154789/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:366081/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:532103/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:528812/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:50025/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:461097/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:451895/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:436490/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:42703/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:425507/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:406401/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:399622/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:366091/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:554616/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:35823/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:275677/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:268206/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:265332/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:205629/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:202655/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1881527/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1864413/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1859179/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:79510/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:963805/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:945537/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:914808/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:910443/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:876335/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:860255/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:85044/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:848850/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:846631/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:83874/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:835423/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:810585/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1817032/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:760960/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:756715/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:743157/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:738605/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:733390/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:691169/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:657915/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:648109/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:627994/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:594605/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:565493/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1194265/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1002295/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1441834/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1419038/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:138434/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:134200/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1320104/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:130690/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1297912/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1270354/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1267699/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1259819/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:11962/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1466831/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1172411/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1119249/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1114180/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1112072/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1112015/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1108783/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1106490/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1085559/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1058013/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1054227/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1007850/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:166146/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1792973/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1792130/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1782657/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:176307/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1757430/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1732893/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:172111/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:169718/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1685063/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1678742/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1675437/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1496269/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:165657/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1602826/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1535673/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1526174/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1515817/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1504361/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:150394/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1500168/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:1498422/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTCTTT‑TACATaaaaa     >  1:650074/1‑62 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTC‑TTCTACTTAAAAAGGc  >  1:1509868/1‑65 (MQ=255)
tGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCAGCCTCCACCTCTTT‑TACTTAAAAAGGc  >  1:331969/1‑65 (MQ=255)
                                                 |                
TGCCTTCCCGCACGGGAACGCCCAACTGCTCAAACGCCGCCTCCACCTC‑TT‑TACTTAAAAAGGC  >  W3110S.gb/1765312‑1765375

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A