Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,958,682 |
C→T |
39.2% |
A69V (GCC→GTC) |
yhjJ → |
predicted zinc‑dependent peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,958,682 | 0 | C | T | 39.2%
| 38.2
/ 53.8
| 51 | A69V (GCC→GTC) | yhjJ | predicted zinc‑dependent peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base T (8/12); total (24/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTG > W3110S.gb/3958615‑3958747
|
cTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGa < 1:1451016/71‑1 (MQ=255)
accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGaa < 1:1803985/69‑1 (MQ=255)
accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAg < 1:3504893/71‑1 (MQ=255)
cccccAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTacac < 1:2171674/71‑1 (MQ=255)
cAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTacac < 1:129474/67‑1 (MQ=255)
aGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAg > 1:986513/1‑61 (MQ=255)
gCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGa < 1:303852/57‑1 (MQ=255)
tCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCTaaa > 1:2996881/1‑56 (MQ=255)
ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGt < 1:4119841/71‑1 (MQ=255)
ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt > 1:4012519/1‑71 (MQ=255)
aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTa < 1:2490863/55‑1 (MQ=255)
aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:4268884/71‑1 (MQ=255)
aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:87781/71‑1 (MQ=255)
cGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa < 1:518237/71‑1 (MQ=255)
gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa < 1:1692933/70‑1 (MQ=255)
gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAg < 1:3885255/71‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAg < 1:2671288/70‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGt < 1:4619168/71‑1 (MQ=255)
tCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:3095366/1‑55 (MQ=255)
gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:821072/1‑71 (MQ=255)
gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:4608011/1‑71 (MQ=255)
gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:3483240/1‑71 (MQ=255)
ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:1050235/70‑1 (MQ=255)
ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:4385041/70‑1 (MQ=255)
ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:1343395/1‑70 (MQ=255)
gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa > 1:2101714/1‑61 (MQ=255)
gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCAt > 1:3393698/1‑71 (MQ=255)
aaaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATc < 1:3582467/71‑1 (MQ=255)
aaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATcc > 1:1293081/1‑71 (MQ=255)
aTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAg < 1:2628965/38‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATccc > 1:2097614/1‑71 (MQ=255)
tCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGaaa > 1:1347192/1‑35 (MQ=255)
cGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGt > 1:3775387/1‑51 (MQ=255)
gCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGt < 1:2719563/71‑1 (MQ=255)
ccTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGc < 1:2313555/46‑1 (MQ=255)
tgctgGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTAtt > 1:1898962/1‑71 (MQ=255)
gctgGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:1753979/48‑1 (MQ=255)
gctgGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTAtt > 1:4580471/1‑70 (MQ=255)
ttAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCt > 1:3817643/1‑70 (MQ=255)
aaTACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTgc < 1:3962896/65‑1 (MQ=255)
aCCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:463733/56‑1 (MQ=255)
aCCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGc > 1:3972795/1‑70 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAAc > 1:605621/1‑67 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:3818724/1‑70 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCa > 1:569470/1‑43 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCaa < 1:2455982/71‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:366464/1‑70 (MQ=255)
ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGCCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:4205323/1‑70 (MQ=255)
cGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:1007504/1‑69 (MQ=255)
gTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:2929138/43‑1 (MQ=255)
gTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGc < 1:3799148/66‑1 (MQ=255)
tcgctcgtCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCa > 1:1245354/1‑43 (MQ=255)
cgctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGt > 1:2106809/1‑71 (MQ=255)
gctcgtCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCg < 1:856683/68‑1 (MQ=255)
gctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTg < 1:1730047/71‑1 (MQ=255)
tcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGc < 1:1282457/65‑1 (MQ=255)
gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:1109190/44‑1 (MQ=255)
gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:815131/44‑1 (MQ=255)
gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:1103579/44‑1 (MQ=255)
ccGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCAt < 1:1229813/37‑1 (MQ=255)
|
CTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTG > W3110S.gb/3958615‑3958747
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
