Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R1
|
328 |
90.1 |
2317887 |
85.2% |
1974839 |
62.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
457,109 |
G→T |
100% |
L113L (CTG→CTT) |
ybgK → |
predicted enzyme subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 457,109 | 0 | G | T | 100.0%
| 152.8
/ NA
| 46 | L113L (CTG→CTT) | ybgK | predicted enzyme subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (0/46); total (0/46) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCA > minE/457085‑457151
|
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:607780/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1012566/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2048900/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2233941/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2243565/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2263308/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2316949/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:365448/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:391251/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:397648/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:490857/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:569387/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:19747/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:620492/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:638780/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:670334/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:718199/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:723642/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:772308/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:78606/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:793327/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:799881/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:9701/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1370356/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1128634/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1132526/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:113501/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:113764/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1091576/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1079149/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1306296/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1309490/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:133455/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1547525/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1594804/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1606372/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:169518/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1701929/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1751455/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1769264/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1900187/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTCCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1894019/67‑1 (MQ=255)
gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCAGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:884054/67‑1 (MQ=255)
cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1174398/66‑1 (MQ=255)
cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1209031/66‑1 (MQ=255)
cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1018198/66‑1 (MQ=255)
|
GCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCA > minE/457085‑457151
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
