Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
838,839 |
T→C |
53.7% |
Q10R (CAA→CGA) |
tpr ← |
predicted protamine‑like protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 838,839 | 0 | T | C | 53.7%
| 2.4
/ 51.1
| 41 | Q10R (CAA→CGA) | tpr | predicted protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/6); new base C (13/9); total (26/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCA > minE/838769‑838905
|
gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCtt > 1:1413810/1‑71 (MQ=34)
gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGc < 1:3735419/71‑1 (MQ=21)
cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa < 1:4611923/71‑1 (MQ=21)
tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAt < 1:1029033/68‑1 (MQ=35)
tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtct > 1:3649403/1‑60 (MQ=35)
gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:2354568/70‑1 (MQ=25)
ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:3018201/70‑1 (MQ=25)
gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATg > 1:4595339/1‑71 (MQ=255)
ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg > 1:1583386/1‑71 (MQ=255)
cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 1:2279883/1‑71 (MQ=255)
gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCgg > 1:4664196/1‑40 (MQ=255)
cGGCAACTCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa > 1:3377196/1‑52 (MQ=11)
gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa < 1:3874702/71‑1 (MQ=255)
cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:475193/1‑70 (MQ=40)
cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:3254101/1‑70 (MQ=40)
cAACCCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:1732551/1‑70 (MQ=255)
aCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:2126899/53‑1 (MQ=35)
gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtctc > 1:2414849/1‑44 (MQ=38)
gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGAAGAATAtt > 1:2305471/1‑70 (MQ=255)
ctctctCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt > 1:2358041/1‑70 (MQ=255)
ctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa > 1:4545080/1‑42 (MQ=255)
ctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTg > 1:1824602/1‑71 (MQ=255)
ctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTaa > 1:2937376/1‑68 (MQ=255)
tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGc > 1:2951958/1‑71 (MQ=255)
gCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCg > 1:485499/1‑70 (MQ=255)
cTGGCGCTCGAGTCGATCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGc > 1:811865/1‑68 (MQ=255)
cgcTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCg < 1:3865142/71‑1 (MQ=255)
tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:2610914/35‑1 (MQ=255)
tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:2827602/39‑1 (MQ=255)
tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg > 1:4679019/1‑71 (MQ=255)
cGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt > 1:3635641/1‑41 (MQ=255)
gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCATGGGCAGAATATTTAATTGCgg > 1:3049447/1‑61 (MQ=255)
gAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3526958/71‑1 (MQ=255)
gTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg > 1:3822735/1‑69 (MQ=255)
tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3519943/68‑1 (MQ=255)
tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3355408/68‑1 (MQ=255)
tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAg < 1:1662548/71‑1 (MQ=255)
tCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAg > 1:1417309/1‑71 (MQ=255)
gAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCg > 1:1631016/1‑61 (MQ=255)
aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTc < 1:2750284/71‑1 (MQ=255)
cTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCa > 1:1665085/1‑69 (MQ=255)
cTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCa > 1:1659681/1‑69 (MQ=255)
ttGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt < 1:3888961/43‑1 (MQ=38)
|
GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCA > minE/838769‑838905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
