Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F21 I0 R2	308	27.9	1975068	96.7%	1909890	67.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,295,565	T→C	41.8%	F154F (TTT→TTC)	nrfE →	heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,295,565	0	T	C	41.8%	23.2 / 68.7	55	F154F (TTT→TTC)	nrfE	heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/11); new base C (13/10); total (34/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01

TTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAG  >  W3110S.gb/4295503‑4295615

tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCAcc                                            >  1:907100/1‑71 (MQ=255)

tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCAcc                                            >  1:1736128/1‑71 (MQ=255)

  tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc                                          >  1:1542143/1‑71 (MQ=255)

  tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc                                          >  1:1161366/1‑71 (MQ=255)

  tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc                                          >  1:237165/1‑71 (MQ=255)

  tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCg                                           >  1:1557187/1‑70 (MQ=255)

  tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCg                                           >  1:1444656/1‑70 (MQ=255)

       caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt                                     <  1:506264/71‑1 (MQ=255)

       caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt                                     <  1:140558/71‑1 (MQ=255)

       caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt                                     <  1:647661/71‑1 (MQ=255)

            aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCTTCCACCGCTGCTTTACCt                                >  1:1547983/1‑71 (MQ=255)

            aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCt                                >  1:1699532/1‑71 (MQ=255)

            aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCt                                >  1:1443266/1‑71 (MQ=255)

               gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg                             >  1:1431671/1‑71 (MQ=255)

                     cgcgATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATgg                       >  1:41141/1‑71 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:772477/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:8433/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1570094/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:36759/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1001987/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1489367/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:86205/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1402365/70‑1 (MQ=255)

                         aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1304375/70‑1 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:1472458/1‑70 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:111520/1‑70 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:1128128/1‑70 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:1967828/1‑70 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:1965104/1‑70 (MQ=255)

                           ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt                  >  1:1368404/1‑70 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:1730690/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:1345132/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:66709/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:1113064/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:586265/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:579896/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGATATGGCGGTTTGATgg            >  1:1202581/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCt                           >  1:714809/1‑54 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:887308/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:797921/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:1052380/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:393853/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:387652/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:1625118/1‑69 (MQ=255)

                                  cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg            >  1:131487/1‑69 (MQ=255)

                                      gctgcAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTTTGGCgg                    <  1:1054414/57‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:529174/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:1629712/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:1627529/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:808974/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:1457567/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:868787/71‑1 (MQ=255)

                                          cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg  <  1:941421/71‑1 (MQ=255)

                                                 ccGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg                    <  1:1974822/46‑1 (MQ=255)

                                                         aTCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGc                      >  1:964587/1‑36 (MQ=255)

TTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAG  >  W3110S.gb/4295503‑4295615

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A