Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,378,569 |
T→C |
V116V (GTA→GTG) |
yjeJ ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,378,569 | 0 | T | C | 100.0%
| 394.8
/ NA
| 113 | V116V (GTA→GTG) | yjeJ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (46/67); total (46/67) |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCGCCAGCATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAATACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAAT > W3110S.gb/4378502‑4378631
|
gcgcCAGCATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACg < 1:3261259/71‑1 (MQ=255)
gcgcCAGCATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACg < 1:1791508/71‑1 (MQ=255)
gcgcCAGCATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACg < 1:735349/71‑1 (MQ=255)
cATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTaa < 1:2401112/71‑1 (MQ=255)
aTTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAgg > 1:466751/1‑67 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACg < 1:4510735/62‑1 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGt > 1:2126025/1‑67 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGt > 1:4396646/1‑67 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGt > 1:1473404/1‑67 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAg < 1:1849558/70‑1 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAg < 1:2222507/70‑1 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGa < 1:1765966/71‑1 (MQ=255)
tttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGa < 1:4168261/71‑1 (MQ=255)
ttCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAg < 1:4313745/69‑1 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:2006080/1‑71 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:1573098/1‑71 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:259201/1‑71 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:2461132/1‑71 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:4576239/1‑71 (MQ=255)
tCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:4230740/1‑71 (MQ=255)
cAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAttt > 1:753219/1‑71 (MQ=255)
cAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAttt > 1:895493/1‑71 (MQ=255)
cAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt < 1:1350635/70‑1 (MQ=255)
aTCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTc < 1:4356377/71‑1 (MQ=255)
cTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGc > 1:910317/1‑71 (MQ=255)
cTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGc > 1:4480449/1‑71 (MQ=255)
tGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGcc > 1:902817/1‑71 (MQ=255)
cAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCtt < 1:2230180/71‑1 (MQ=255)
cAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCtt < 1:2305295/71‑1 (MQ=255)
cAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCtt < 1:587295/71‑1 (MQ=255)
cAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCtt < 1:648829/71‑1 (MQ=255)
cAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCtt < 1:1285754/71‑1 (MQ=255)
aaCTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGt < 1:3373741/56‑1 (MQ=255)
aaCTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGt < 1:3220607/56‑1 (MQ=255)
aaCTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTg < 1:3843471/71‑1 (MQ=255)
cTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAt < 1:4188867/71‑1 (MQ=255)
cTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAt < 1:2564431/71‑1 (MQ=255)
aTTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAtt < 1:3289490/69‑1 (MQ=255)
aTTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAtt < 1:2745837/69‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGATGGTAAg < 1:599576/53‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAg < 1:629160/53‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTg < 1:4387467/65‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTg < 1:561841/65‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAtt < 1:3285254/68‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGAtt < 1:1969359/68‑1 (MQ=255)
ttGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATc < 1:4461574/71‑1 (MQ=255)
gacgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCgg > 1:3669193/1‑71 (MQ=255)
gacgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCgg > 1:1167788/1‑71 (MQ=255)
gacgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCgg > 1:687026/1‑71 (MQ=255)
gacgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCgg > 1:3073203/1‑71 (MQ=255)
cgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTa < 1:1286902/71‑1 (MQ=255)
cgacTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTa < 1:3103363/71‑1 (MQ=255)
acTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTa < 1:1476001/69‑1 (MQ=255)
acTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAg < 1:858086/71‑1 (MQ=255)
cTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAg < 1:280836/70‑1 (MQ=255)
cTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGt < 1:1265604/71‑1 (MQ=255)
tAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGtt > 1:1985856/1‑71 (MQ=255)
aCTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAg < 1:1994937/67‑1 (MQ=255)
cacaTTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTaa > 1:299346/1‑63 (MQ=255)
acaTTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGc < 1:1923827/70‑1 (MQ=255)
acaTTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGc < 1:3169672/70‑1 (MQ=255)
caTTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGAtt > 1:3741404/1‑41 (MQ=255)
tttGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTAt > 1:264604/1‑53 (MQ=255)
tttGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGtt < 1:183098/62‑1 (MQ=255)
tGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATc > 1:3813318/1‑52 (MQ=255)
tGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGtt < 1:4413601/70‑1 (MQ=255)
tGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGtt < 1:3771413/70‑1 (MQ=255)
tGCTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGtt < 1:344938/70‑1 (MQ=255)
cTACCGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTaa < 1:1359183/70‑1 (MQ=255)
ccGTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcg < 1:2233875/71‑1 (MQ=255)
gTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTaa > 1:2684841/1‑65 (MQ=255)
gTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAAccc > 1:852395/1‑68 (MQ=255)
gTCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgac > 1:2656860/1‑71 (MQ=255)
tCATTTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgac < 1:4387246/70‑1 (MQ=255)
tCATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgacg < 1:3095058/71‑1 (MQ=255)
cATGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCg > 1:1299598/1‑57 (MQ=255)
aTGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgacga < 1:2859792/70‑1 (MQ=255)
aTGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgacga < 1:3152808/70‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCcgacga < 1:3323695/69‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGAtt < 1:1015429/71‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGAtt < 1:2095854/71‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGAtt < 1:3197769/71‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGAtt < 1:4285885/71‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGAtt < 1:3359257/71‑1 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGtt > 1:3073235/1‑47 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTaa > 1:3704878/1‑59 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa < 1:4360060/71‑1 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:1920883/1‑71 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:3976784/1‑71 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:2140659/1‑71 (MQ=255)
tAGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:3336545/1‑71 (MQ=255)
aGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:2192744/1‑70 (MQ=255)
aGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:1787512/1‑70 (MQ=255)
aGCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa > 1:1572588/1‑70 (MQ=255)
gCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAat < 1:3216136/70‑1 (MQ=255)
gCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAat < 1:325119/70‑1 (MQ=255)
gCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAat < 1:3399529/70‑1 (MQ=255)
gCGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAat < 1:3768765/70‑1 (MQ=255)
cGTTAACACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTaa < 1:1641986/68‑1 (MQ=255)
gTTAACTCGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTa < 1:67229/39‑1 (MQ=38)
|
GCGCCAGCATTTCAATCTGCAACTCATTGACGACTAACTCACATTTGCTACCGTCATGTAGCGTTAATACGAAGGTAAGATTTTCGCCTTGATTATCGGTAAGTTCCAGCGTGTTAACCCGACGATTAAT > W3110S.gb/4378502‑4378631
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
