Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,360,807 A→C D95E (GAT→GAG)  yjdL ← predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,360,8070AC100.0% 228.1 / NA 64D95E (GAT→GAG) yjdLpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (64/0);  total (64/0)

AGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTATCAATACCCAGC  >  W3110S.gb/4360755‑4360819
                                                    |            
agacacaAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:4592/4‑65 (MQ=255)
aGCCACAGATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1357122/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATTCAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:664236/1‑65 (MQ=39)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGATTTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:896478/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCa           >  1:344808/1‑56 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATAcc      >  1:247871/1‑61 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAg   >  1:796230/1‑64 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAg   >  1:287769/1‑64 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAg   >  1:1851634/1‑64 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAg   >  1:1131107/1‑64 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:311313/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:195601/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:3719/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:323305/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:318985/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:315925/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:212002/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:272209/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:249303/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:228188/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:420510/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:456922/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:483357/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:485494/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:504291/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:635767/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:731710/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:816427/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:834802/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:866120/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:879142/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:882090/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:936712/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1326748/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1016484/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1021218/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1025447/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1044019/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1047364/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1064809/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1069054/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1083665/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:108697/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1092808/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:111555/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1115736/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1225976/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1247835/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1014302/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1333215/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1355241/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1420168/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1420693/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1525611/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1547082/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1627753/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1642908/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1682858/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1715564/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1726209/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:17832/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACCCAGc  >  1:1805105/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTCTCAATACACAGc  >  1:290268/1‑65 (MQ=255)
aGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTAGTCTCAATACCCAGc  >  1:67847/1‑65 (MQ=255)
                                                    |            
AGCCACAAATAATGATTGCCAGCGCCAGATACAGGCTAAAGGTTGAATTTGTATCAATACCCAGC  >  W3110S.gb/4360755‑4360819

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A