Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,412,551 Δ1 bp coding (1216/2442 nt) rnr → exoribonuclease R, RNase R

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,412,5510C.100.0% 511.4 / NA 114coding (1216/2442 nt)rnrexoribonuclease R, RNase R
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (114/0);  total (114/0)

Only 100 of 114 total aligned reads displayed.

GCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAGCATCTCGAAGAGTTGCATAA  >  W3110S.gb/4412505‑4412570
                                              |                   
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCTAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1657312/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTGGAAGAGTTGCATaa  >  1:1345381/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAagag          >  1:1401182/1‑57 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCAt    >  1:903054/1‑63 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:305711/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:548861/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:528332/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:522631/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:515565/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:466937/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:414043/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:394007/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:390498/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:361439/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:324944/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:314962/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:603264/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:304264/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:2856/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:283090/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:241297/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:199653/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:194775/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1873020/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1869873/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1858064/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1847443/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:772255/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:990274/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:974244/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:963458/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:934819/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:934720/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:922519/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:92223/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:872362/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:85143/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:82350/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:784856/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:552736/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:761991/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:745382/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:742978/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:742835/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:721382/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:703482/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:667057/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:647240/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:634996/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:606977/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1844992/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:116959/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1369407/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1349934/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1020513/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1324484/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:129569/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1233887/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1225768/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1219258/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1218602/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1214373/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1349272/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1153477/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1150595/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1147512/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1145795/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1111971/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1102513/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1092169/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1063050/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1036944/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1561269/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1832632/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1788698/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1761629/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1745991/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1734830/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1721856/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1672276/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1594478/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:138156/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:155995/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1462936/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1387691/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1462056/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1549640/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1513409/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATaa  >  1:1525275/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:1163942/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:833249/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:1501472/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:1175807/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:174181/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:1349172/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:585182/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGTTGCATa   >  1:1050539/1‑64 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGAGATGCAt    >  1:1415496/1‑63 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAGACTTGCATaa  >  1:1202089/1‑65 (MQ=255)
gCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAG‑ATCTCGAAAAGTTGCATaa  >  1:1049399/1‑65 (MQ=255)
                                              |                   
GCAGGGCGATCAGGATCTGCGCGAGCAGTACGCCCCGCTGGTTAAGCATCTCGAAGAGTTGCATAA  >  W3110S.gb/4412505‑4412570

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A