Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,405,345 |
G→A |
22.6% |
intergenic (+67/‑9) |
hfq → / → hflX |
HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,405,345 | 0 | G | A | 22.6%
| 104.1
/ 27.5
| 53 | intergenic (+67/‑9) | hfq/hflX | HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/13); new base A (6/6); total (34/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
AGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGA > W3110S.gb/4405278‑4405415
|
aGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTta > 1:800147/1‑71 (MQ=255)
aGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTta > 1:1728004/1‑71 (MQ=255)
gggCTTTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCt < 1:552841/70‑1 (MQ=255)
gggCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCtt > 1:168220/1‑71 (MQ=255)
tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt < 1:3868460/69‑1 (MQ=255)
tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt < 1:2553517/69‑1 (MQ=255)
tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGttt < 1:565392/69‑1 (MQ=255)
ttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCg > 1:2724360/1‑71 (MQ=255)
tttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:940661/1‑71 (MQ=255)
ttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:4095278/1‑70 (MQ=255)
acacGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat > 1:1502684/1‑71 (MQ=255)
acacGGGGAGCAAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat > 1:110464/1‑71 (MQ=255)
cacGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:452207/70‑1 (MQ=255)
ggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCt > 1:118381/1‑71 (MQ=255)
gAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt > 1:873993/1‑55 (MQ=255)
aGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:2012657/1‑71 (MQ=255)
aGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:2433011/1‑64 (MQ=255)
gATGCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGa > 1:418654/1‑49 (MQ=255)
gATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGt > 1:2469828/1‑45 (MQ=255)
aTCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAg < 1:2702008/67‑1 (MQ=255)
aTCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAgg > 1:2173881/1‑71 (MQ=255)
ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAggag > 1:2012541/1‑69 (MQ=255)
ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCg > 1:2999334/1‑71 (MQ=255)
cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:2755086/1‑60 (MQ=255)
cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGt < 1:928924/61‑1 (MQ=255)
gCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:3077858/1‑47 (MQ=255)
gCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTatga > 1:774656/1‑52 (MQ=255)
cGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTAc > 1:4148189/1‑71 (MQ=255)
gTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt < 1:3873396/71‑1 (MQ=255)
gTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt < 1:923475/71‑1 (MQ=255)
ttCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:4302160/47‑1 (MQ=255)
tCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGt < 1:1853025/66‑1 (MQ=255)
cGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGt < 1:1512808/62‑1 (MQ=255)
gCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTa < 1:3624538/40‑1 (MQ=255)
cTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTAcaca > 1:2486321/1‑71 (MQ=255)
cTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:4327633/59‑1 (MQ=255)
tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:1685100/1‑71 (MQ=255)
tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:3443765/1‑71 (MQ=255)
tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:4554318/1‑71 (MQ=255)
cTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:354070/1‑43 (MQ=255)
cTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:3776214/1‑43 (MQ=255)
tATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTatgat < 1:1058308/37‑1 (MQ=255)
aTTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAtt > 1:2874624/1‑70 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:2426785/1‑37 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:457177/51‑1 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt > 1:4200632/1‑55 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt < 1:983349/70‑1 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt > 1:3748935/1‑70 (MQ=255)
tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt > 1:1349346/1‑70 (MQ=255)
tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTa > 1:433731/1‑51 (MQ=255)
tAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:344076/49‑1 (MQ=255)
gagGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGc < 1:2542057/71‑1 (MQ=255)
gagGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTa > 1:4185054/1‑49 (MQ=255)
gggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTgg > 1:560287/1‑51 (MQ=255)
ggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAg < 1:345104/71‑1 (MQ=255)
gTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGACGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGa < 1:1479756/71‑1 (MQ=255)
|
AGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGA > W3110S.gb/4405278‑4405415
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
