Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
831,492 |
T→C |
45.5% |
intergenic (+465/‑51) |
narK → / → narG |
nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 831,492 | 0 | T | C | 45.5%
| 14.6
/ 117.2
| 88 | intergenic (+465/‑51) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/28); new base C (20/20); total (40/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.39e-01 |
CATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAC > minE/831424‑831560
|
cATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACAtt < 1:3248041/69‑1 (MQ=255)
aTCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGc < 1:1753432/71‑1 (MQ=255)
tCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCa < 1:318788/71‑1 (MQ=255)
tCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:1443083/71‑1 (MQ=255)
tCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCa < 1:1663804/65‑1 (MQ=255)
cACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGa > 1:929257/1‑71 (MQ=255)
aCTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAt > 1:3247530/1‑71 (MQ=255)
aCTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAt > 1:4000560/1‑71 (MQ=255)
tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:3920309/1‑62 (MQ=255)
tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:4613960/1‑62 (MQ=255)
tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAtt > 1:2225964/1‑70 (MQ=255)
ctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTa > 1:2527522/1‑71 (MQ=255)
ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGc < 1:2877122/58‑1 (MQ=255)
ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAttt < 1:4202673/69‑1 (MQ=255)
ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt > 1:601029/1‑71 (MQ=255)
tGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTAt > 1:3972701/1‑70 (MQ=255)
gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4644550/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4628305/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt > 1:2290051/1‑69 (MQ=255)
gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTa < 1:1676723/68‑1 (MQ=255)
aTCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCag < 1:704079/71‑1 (MQ=255)
tCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga < 1:3634934/71‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4687941/64‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:348637/64‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:714667/64‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:744376/64‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAtt < 1:1948275/61‑1 (MQ=255)
ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCa < 1:4656097/66‑1 (MQ=255)
tATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATc < 1:2690109/64‑1 (MQ=255)
aTCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAtt > 1:2480490/1‑59 (MQ=255)
aTCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAt > 1:3164867/1‑58 (MQ=255)
tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:257554/63‑1 (MQ=255)
tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGAAATGTCGATTTATCa < 1:937335/63‑1 (MQ=255)
tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAttt < 1:957983/59‑1 (MQ=255)
tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGcc < 1:843726/70‑1 (MQ=255)
aaTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc < 1:919884/71‑1 (MQ=255)
aaTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTAACTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc < 1:387795/71‑1 (MQ=255)
aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:692846/1‑47 (MQ=255)
aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:2335006/1‑47 (MQ=255)
aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:3583320/60‑1 (MQ=255)
ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTc < 1:3437266/50‑1 (MQ=255)
ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:277174/45‑1 (MQ=255)
ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:1160373/45‑1 (MQ=255)
ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACa < 1:4018102/70‑1 (MQ=255)
tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:2266677/1‑60 (MQ=255)
tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:648871/1‑60 (MQ=255)
tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAgg > 1:1950366/1‑71 (MQ=255)
cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCaa > 1:4484429/1‑44 (MQ=255)
cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCagag > 1:2148435/1‑60 (MQ=255)
cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCagag > 1:2361002/1‑60 (MQ=255)
cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGaa > 1:1949120/1‑66 (MQ=255)
ccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:4473999/56‑1 (MQ=255)
ccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCATAGGGCCGACAGGc < 1:2467682/70‑1 (MQ=255)
cACGCTGTTTCAGAGCGTTTCCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTc < 1:2936601/71‑1 (MQ=255)
aCGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGcc < 1:1211137/61‑1 (MQ=255)
gCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATc < 1:2264349/51‑1 (MQ=255)
tGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGa < 1:743380/43‑1 (MQ=255)
tttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCTATTTATc < 1:1167497/47‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa > 1:3546060/1‑47 (MQ=255)
ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa < 1:2062144/56‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa < 1:803634/56‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:493824/1‑69 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:1116298/1‑68 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:114305/1‑68 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCTATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGga < 1:2540146/70‑1 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:4336873/1‑48 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:387963/1‑48 (MQ=255)
tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:3016973/1‑68 (MQ=255)
cAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc > 1:2469102/1‑55 (MQ=255)
agagCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaa < 1:2640824/71‑1 (MQ=255)
agagCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAG‑AATGTCGATTTATCAGAGGGCAGACAGGCTCCCACAGGAGaaa < 1:4520531/71‑1 (MQ=255)
gagCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:2180254/41‑1 (MQ=255)
agCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGAGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaaa < 1:4065561/70‑1 (MQ=255)
gCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAAc > 1:3394440/1‑71 (MQ=255)
gCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAAc < 1:3126191/71‑1 (MQ=255)
ttACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAgg < 1:339214/42‑1 (MQ=255)
ttACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAgg > 1:919849/1‑61 (MQ=255)
aCCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:3353698/1‑38 (MQ=255)
gCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTcca > 1:2229674/1‑48 (MQ=255)
gCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGa > 1:3099224/1‑64 (MQ=255)
ccTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCg < 1:1447752/61‑1 (MQ=255)
ttAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa > 1:517494/1‑36 (MQ=255)
tAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaaa > 1:2956921/1‑54 (MQ=255)
aaaCATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAgg > 1:1964170/1‑48 (MQ=255)
aaaCATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTa > 1:3112827/1‑64 (MQ=255)
aaaCATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCt > 1:1070545/1‑71 (MQ=255)
aaCATCAGCAATGTCGATTTATTAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTg < 1:2782556/71‑1 (MQ=255)
cATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAgg < 1:3473319/35‑1 (MQ=255)
aTTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAc > 1:2134214/1‑71 (MQ=255)
|
CATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAC > minE/831424‑831560
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
