Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 750,428 T→C I722V (ATT→GTT)  ybgQ ← predicted outer membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb750,4280TC100.0% 734.7 / NA 194I722V (ATT→GTT) ybgQpredicted outer membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (194/0);  total (194/0)

Only 100 of 194 total aligned reads displayed.

GCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATG  >  W3110S.gb/750418‑750486
          |                                                          
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGtt                          >  1:444832/1‑45 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTc                  >  1:941196/1‑53 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:556233/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1541064/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:551712/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:497090/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:474611/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:414767/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:393778/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:298662/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:236201/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:218627/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:214068/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:201453/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:193214/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:192205/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1598996/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1585586/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:101063/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:690185/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:904591/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:883312/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:869353/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:816083/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:801317/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:726608/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:723953/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:707169/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:563444/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:686835/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:683042/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:628809/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:592883/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:58714/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:581299/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:57889/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1233782/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1007378/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1086514/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1087022/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1131567/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1145938/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1213252/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1224873/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1231328/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1524852/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1261008/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1288092/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1292578/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1460436/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1433083/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1440191/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1371329/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:1344312/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattca    >  1:1026085/1‑67 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcat       >  1:1270017/1‑64 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtc         >  1:1104073/1‑62 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:657274/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:638137/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:671829/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:679616/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:116712/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:692969/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1448107/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1543978/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:732590/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:755510/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:766769/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:782836/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1050972/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:838528/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1042378/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1024311/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:925607/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:934002/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:46178/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:328450/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:350852/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:353652/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:363460/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:385566/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1340979/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:395616/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1321167/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:644516/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1362573/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:526144/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1280330/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:225047/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:569832/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1390865/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1409333/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:142410/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:603792/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:1185901/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:318580/1‑69 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCCGGTAAGtcattca    >  1:1056199/1‑67 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGATACGCCGTCGGGTAAGtcattca    >  1:1325423/1‑67 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCATGTTTCCTAGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattcat   >  1:916886/1‑68 (MQ=255)
gcgcCTTCAACCCAAGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg  >  1:336238/1‑69 (MQ=255)
          |                                                          
GCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATG  >  W3110S.gb/750418‑750486

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A