Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,155,147 +A coding (782/870 nt) prkB ← predicted phosphoribulokinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,155,1461.A100.0% 342.6 / NA 92V261V (GTG→GTT) prkBpredicted phosphoribulokinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base A (0/92);  total (0/92)

TCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACC‑ACTAACG  >  W3110S.gb/4155086‑4155153
                                                             |       
tCGTTGCTCCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:422044/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCGCCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:390047/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:447104/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:599942/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:562992/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:542865/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:528911/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:525054/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:501118/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:451044/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:420826/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:350073/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:751975/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:738444/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:728600/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:710426/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:693469/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:688715/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:660274/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:633385/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:631137/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1271509/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1452920/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1439401/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1417904/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:294040/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1354297/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1342926/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1340335/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1300723/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1286094/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1278485/69‑1 (MQ=255)
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tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1255776/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:123640/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1095117/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1094414/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1083693/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1083419/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:107865/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1026765/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:101992/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1019647/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1477906/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:284565/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:264629/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:230080/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:227125/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:20873/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:201287/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:186502/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:185341/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:182712/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1586185/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1591757/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1573930/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1484437/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1543108/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1487659/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATATTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:922310/69‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:146892/68‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:956875/68‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:937701/68‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:525023/68‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:809680/68‑1 (MQ=255)
 cGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1178428/68‑1 (MQ=255)
          aGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:229626/59‑1 (MQ=255)
              gcagcaTAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:513345/55‑1 (MQ=255)
                   aTAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:931799/50‑1 (MQ=255)
                         aattCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:1250840/44‑1 (MQ=38)
                            tCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACCAACTAACg  <  1:50710/41‑1 (MQ=38)
                                                             |       
TCGTTGCACCAGCGGCAGCATAATTAATTCCATTGCCAGACCCATTTTGCCGCCCGGTACC‑ACTAACG  >  W3110S.gb/4155086‑4155153

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A