Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F28 I3 R2
|
68 |
0.0 |
1607493 |
93.4% |
1501398 |
66.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
W3110S.gb |
4,591,459 |
G→A |
S13S (AGC→AGT) |
hsdR ← |
endonuclease R |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | W3110S.gb | 4,591,459 | 0 | G | A | 99.5%
| 800.5
/ NA
| 217 | S13S (AGC→AGT) | hsdR | endonuclease R |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (216/0); minor base T (1/0); total (217/0) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCT > W3110S.gb/4591393‑4591461
|
aGTGAAGTCGTTGCCGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1334079/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGCCGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:864146/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGTTTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1469368/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTGATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:108146/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:398509/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:553584/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:549893/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:537764/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:531735/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:517617/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:506709/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:496692/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:475913/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:442754/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:416851/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:409731/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:638051/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:383159/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:368406/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:339225/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:328463/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:300387/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:283006/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:274021/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:268502/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:250745/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:231239/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:840999/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:980781/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:969304/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:960576/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:955009/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:941826/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:911132/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:89724/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:892461/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:884723/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:879839/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:853392/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:571912/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:827889/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:80106/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:797163/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:769945/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:757946/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:746655/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:697799/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:688947/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:675524/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:641142/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:199829/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1117740/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1019131/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1230243/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1223523/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1212408/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1211813/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1183167/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1168440/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1157746/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1149253/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1126780/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1122791/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1284011/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1109693/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1107362/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1092106/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1090216/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1078039/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1066107/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1061438/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1046029/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1037088/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1032169/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1029173/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1461802/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:193937/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:183310/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:168206/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1599952/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1580228/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1569775/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1552256/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1540178/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1517595/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1499397/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1495119/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1480121/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1309981/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1438915/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1417610/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1400159/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:138960/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1375682/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:135424/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1340644/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1326319/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:1321886/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATACATTACt > 1:663362/1‑69 (MQ=255)
aGTGAAGACGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTACt > 1:822657/1‑69 (MQ=255)
|
AGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCT > W3110S.gb/4591393‑4591461
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A