Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R1
|
71 |
95.7 |
2922988 |
91.7% |
2680379 |
65.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
876,856 |
G→A |
100% |
R691Q (CGA→CAA) |
acnA → |
aconitate hydratase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 876,856 | 0 | G | A | 82.6%
| 108.2
/ 17.0
| 46 | R691Q (CGA→CAA) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/0); new base A (38/0); total (46/0) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAC > minE/876832‑876902
|
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGgt > 1:2801044/1‑44 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTa > 1:2465365/1‑70 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:995760/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:394045/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:367041/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1327908/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2077795/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1895746/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATcaacaa > 1:1954543/1‑35 (MQ=38)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAg > 1:1039861/1‑57 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAAc > 1:2621548/1‑65 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTa > 1:28343/1‑70 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:493499/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1315176/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2817300/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2858795/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2886656/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:366689/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1133115/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1011245/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:619292/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:660630/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:692676/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:827836/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:932575/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:986789/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1616540/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2034734/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1693345/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:177832/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1840320/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1849782/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1579644/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1911860/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1554493/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1975649/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1468864/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:1513639/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2137292/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2174401/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2203307/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2212176/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2335444/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:2464794/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCCAc > 1:1278442/1‑71 (MQ=255)
ttAAGCACGACAGCCCAGCGGGTCAATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAc > 1:600/1‑71 (MQ=255)
|
TTAAGCCCGACAGCCCAGCGGGTCGATATCTACAAGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTAC > minE/876832‑876902
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
