Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,547,129 |
G→A |
12.6% |
M137I (ATG→ATA) |
fimE → |
tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,547,129 | 0 | G | A | 12.6%
| 242.4
/ 22.0
| 87 | M137I (ATG→ATA) | fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/27); new base A (5/6); total (54/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
CCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCG > W3110S.gb/4547065‑4547199
|
ccTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAgg > 1:642002/1‑71 (MQ=255)
ccTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAgg > 1:3061534/1‑71 (MQ=255)
cTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGc < 1:1995107/71‑1 (MQ=255)
tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGtt < 1:203792/63‑1 (MQ=255)
tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATg > 1:2507987/1‑71 (MQ=255)
tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATg > 1:2050644/1‑71 (MQ=255)
gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:2772194/1‑71 (MQ=255)
gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:871010/1‑71 (MQ=255)
gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:588267/1‑71 (MQ=255)
gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:506777/1‑71 (MQ=255)
gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:2299647/1‑71 (MQ=255)
ttattCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt < 1:3379005/65‑1 (MQ=255)
attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTaa > 1:2124594/1‑58 (MQ=255)
attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTaa > 1:1415375/1‑58 (MQ=255)
attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1282784/1‑71 (MQ=255)
attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1250691/1‑71 (MQ=255)
attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1749788/1‑71 (MQ=255)
ttCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGt > 1:837858/1‑71 (MQ=255)
cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1202650/71‑1 (MQ=255)
cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:242291/71‑1 (MQ=255)
cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:2129896/71‑1 (MQ=255)
aTGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:3379222/69‑1 (MQ=255)
tGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGa < 1:2540823/69‑1 (MQ=255)
ccGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAg > 1:397864/1‑49 (MQ=255)
cGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTgg < 1:1634688/71‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGc > 1:2432952/1‑46 (MQ=255)
aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:352365/1‑48 (MQ=255)
aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:2616176/1‑48 (MQ=255)
aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:3085772/1‑48 (MQ=255)
ttGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1503855/60‑1 (MQ=255)
gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTa > 1:607804/1‑39 (MQ=255)
gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:645393/1‑71 (MQ=255)
gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:3141048/1‑60 (MQ=255)
gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:3578693/1‑60 (MQ=255)
aaGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:1992871/71‑1 (MQ=255)
aaGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg < 1:2799759/70‑1 (MQ=255)
aGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:2476629/70‑1 (MQ=255)
gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATGTGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:208107/1‑71 (MQ=255)
gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:2194333/1‑71 (MQ=255)
gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:3980538/1‑71 (MQ=255)
cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:3902031/1‑71 (MQ=255)
cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1611797/1‑71 (MQ=255)
cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1914573/1‑71 (MQ=255)
tGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAAtt > 1:1512985/1‑57 (MQ=255)
gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:1374728/71‑1 (MQ=255)
gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:1787117/71‑1 (MQ=255)
gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:4059056/71‑1 (MQ=255)
aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:3421769/71‑1 (MQ=255)
aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:2957003/71‑1 (MQ=255)
aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:1288665/71‑1 (MQ=255)
aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:717675/71‑1 (MQ=255)
aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:193434/71‑1 (MQ=255)
ccGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1726446/48‑1 (MQ=255)
ccGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:492980/1‑70 (MQ=255)
gTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATa > 1:3239122/1‑70 (MQ=255)
gTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGAGTGGTGCAGATAc > 1:3002902/1‑71 (MQ=255)
aaCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTc > 1:856853/1‑71 (MQ=255)
aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:394224/1‑59 (MQ=255)
aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:1841668/1‑59 (MQ=255)
aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg > 1:3622733/1‑58 (MQ=255)
aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg > 1:2780391/1‑58 (MQ=255)
gCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:3612996/63‑1 (MQ=255)
aGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTa < 1:3542797/71‑1 (MQ=255)
gACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTaa < 1:1943607/71‑1 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGGATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:1247698/71‑1 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:2994386/1‑35 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:3291409/71‑1 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:717061/71‑1 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:4064865/1‑71 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:3256195/1‑71 (MQ=255)
aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGAGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2700292/1‑71 (MQ=255)
aTCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:1756438/71‑1 (MQ=255)
tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg < 1:3102135/47‑1 (MQ=255)
tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg < 1:113588/47‑1 (MQ=255)
tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2799806/1‑70 (MQ=255)
tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:3913823/1‑70 (MQ=255)
tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2687707/1‑70 (MQ=255)
ccTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGa > 1:1518819/1‑71 (MQ=255)
cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCgg > 1:380490/1‑39 (MQ=255)
cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1323150/1‑47 (MQ=255)
cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt > 1:2749017/1‑71 (MQ=255)
cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt > 1:1671261/1‑71 (MQ=255)
cATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATAATCGTTTAATTCAGGATTa > 1:273240/1‑71 (MQ=255)
atatGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAtt < 1:1940924/69‑1 (MQ=255)
atatGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATAAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAtt < 1:612860/69‑1 (MQ=255)
tGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:570629/1‑46 (MQ=255)
tGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:1550724/1‑46 (MQ=255)
gTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCg > 1:707593/1‑71 (MQ=255)
|
CCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCG > W3110S.gb/4547065‑4547199
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
